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- PDB-3n23: Crystal structure of the high affinity complex between ouabain an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n23
タイトルCrystal structure of the high affinity complex between ouabain and the E2P form of the sodium-potassium pump
要素
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
  • Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
  • Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
キーワードHYDROLASE / sodium-potassium pump / P-type ATPase / ouabain / cardiotonic steroids
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / regulation of sodium ion transport / proton transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transport / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / cell adhesion / apical plasma membrane / axon / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. ...: / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OUABAIN / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / ML / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Yatime, L. / Laursen, M. / Morth, J.P. / Esmann, M. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the high affinity binding of cardiotonic steroids to the Na+,K+-ATPase.
著者: Yatime, L. / Laursen, M. / Morth, J.P. / Esmann, M. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年9月17日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,74910
ポリマ－290,5326
非ポリマー1,2184
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8755
ポリマ－145,2663
非ポリマー6092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area58680 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8755
ポリマ－145,2663
非ポリマー6092
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area58620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.160, 118.930, 494.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 109669.891 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA chain (UNP RESIDUES 30-1021) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 32129.859 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA chain (UNP RESIDUES 27-303) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027
#3: タンパク質・ペプチド Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 3466.012 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA chain (UNP RESIDUES 17-47) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79
#4: 化合物 ChemComp-OBN / OUABAIN / ウアバイン


分子量: 584.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44O12
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 16% PEG 2000 MME, 10% glycerol, 0.2M magnesium chloride, 100mM MES, 1.5mM N-decanoylsucrose, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日
放射モノクロメーター: Si(311) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.6→50 Å / Num. all: 39359 / Num. obs: 39359 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 190 Å2 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 4.6→4.8 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 4646 / Rsym value: 0.944 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: ML

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.6→39.554 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.716 / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1972 5.02 %random
Rwork0.272 ---
all0.273 39261 --
obs0.273 39261 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 227.296 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 549.87 Å2 / Biso mean: 277.661 Å2 / Biso min: 63.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-108.735 Å20 Å2-0 Å2
2--16.747 Å2-0 Å2
3----60.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.6→39.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20188 0 84 0 20272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00720710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89528102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2997686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.6-4.7150.3591400.35626182758100
4.715-4.8420.3721450.33625902735100
4.842-4.9840.4011350.31426312766100
4.984-5.1450.3531440.30426292773100
5.145-5.3280.3491250.29126342759100
5.328-5.5410.311370.30526372774100
5.541-5.7930.3441360.2926142750100
5.793-6.0970.3131460.29926512797100
6.097-6.4770.3311510.27226492800100
6.477-6.9750.2881350.24426902825100
6.975-7.6720.2531390.20926602799100
7.672-8.7720.211340.18327152849100
8.772-11.0120.2031640.16927182882100
11.012-39.5550.3151410.3112853299499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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