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万見
- PDB-3n1b: C-terminal domain of Vps54 subunit of the GARP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n1b
タイトルC-terminal domain of Vps54 subunit of the GARP complex
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 54
キーワードTRANSPORT PROTEIN / spinal muscular atrophy / vesicle trafficking / Golgi apparatus / tethering complex / GARP
機能・相同性
機能・相同性情報


neural tissue regeneration / GARP complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / post-embryonic forelimb morphogenesis / skeletal muscle tissue growth / vesicle-mediated cholesterol transport / musculoskeletal movement / thrombin-activated receptor signaling pathway / spermatid differentiation / L-glutamate import ...neural tissue regeneration / GARP complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / post-embryonic forelimb morphogenesis / skeletal muscle tissue growth / vesicle-mediated cholesterol transport / musculoskeletal movement / thrombin-activated receptor signaling pathway / spermatid differentiation / L-glutamate import / sphingolipid catabolic process / ubiquitin recycling / Golgi to vacuole transport / neuromuscular synaptic transmission / limb morphogenesis / apoptotic DNA fragmentation / protein targeting to ER / cellular response to progesterone stimulus / neuroinflammatory response / vacuole organization / neurofilament cytoskeleton organization / protein targeting to lysosome / protein targeting to vacuole / microglia differentiation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / astrocyte differentiation / synaptic transmission, GABAergic / retrograde transport, endosome to Golgi / protein localization to cell surface / regulation of growth / limb development / motor behavior / motor neuron apoptotic process / syntaxin binding / lysosomal transport / homeostasis of number of cells / striated muscle contraction / skeletal muscle tissue development / homeostasis of number of cells within a tissue / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / neuron projection morphogenesis / synaptic transmission, glutamatergic / trans-Golgi network / intracellular calcium ion homeostasis / response to calcium ion / protein localization / protein transport / gene expression / neuron apoptotic process / in utero embryonic development / response to antibiotic / synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #130 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #860 / Vacuolar protein sorting-associated protein 54, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 54, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 54 / Vps54-like protein / Vacuolar-sorting protein 54, of GARP complex / Monooxygenase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Monooxygenase - #130 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #860 / Vacuolar protein sorting-associated protein 54, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 54, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 54 / Vps54-like protein / Vacuolar-sorting protein 54, of GARP complex / Monooxygenase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 54
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Perez-Victoria, F.J. / Abascal-Palacios, G. / Tascon, I. / Kajava, A. / Pioro, E.P. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the wobbler mouse neurodegenerative disorder caused by mutation in the Vps54 subunit of the GARP complex.
著者: Perez-Victoria, F.J. / Abascal-Palacios, G. / Tascon, I. / Kajava, A. / Magadan, J.G. / Pioro, E.P. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
履歴
登録2010年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 54
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9992
ポリマ－32,9992
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4991
ポリマ－16,4991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4991
ポリマ－16,4991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 54

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 54


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9992
ポリマ－32,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.862, 30.323, 88.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 54 / Tumor antigen SLP-8p homolog


分子量: 16499.338 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 836-974 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vps54 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SPW0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23% PEG3350, 0.1M BisTris, 0.1M I3C, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-111.7
シンクロトロンESRF ID23-120.9791, 0.9794
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 315r1CCD
ADSC QUANTUM 315r2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.71
20.97911
30.97941
Reflection冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 12.34 / 数: 57298 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9115 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.65099.210.0371.0256.8
4.455.610010.0651.0346.8
3.884.4510010.0821.0237
3.533.8810010.0871.0177
3.283.5310010.0891.026.9
3.083.2810010.1041.0436.8
2.933.0810010.1151.0036.5
2.82.9399.910.141.0025.9
2.692.899.110.1641.0065.2
2.62.6994.610.1881.0273.9
反射解像度: 2.398→50 Å / Num. obs: 11565 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.492.30.210431.04490.3
2.49-2.592.70.16811271.0496.7
2.59-2.73.10.12711391.0498.9
2.7-2.853.30.09911511.03699.8
2.85-3.023.50.08311711.03999.9
3.02-3.263.60.0711611.02999.9
3.26-3.583.60.05611621.01799.9
3.58-4.13.60.05611861.041100
4.1-5.173.50.06811951.038100
5.17-503.30.06112301.03698.6

-
位相決定

Phasing dmFOM : 0.62 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.59 / 反射: 11554 / Reflection acentric: 10298 / Reflection centric: 1256
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.9-30.9760.930.950.85540396144
4.3-6.90.910.930.8115841334250
3.4-4.30.870.890.7519811748233
3-3.40.750.760.5919671773194
2.6-30.480.490.3834703166304
2.4-2.60.20.20.1320121881131

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.398→30.976 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.786 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 536 4.75 %
Rwork0.239 --
obs0.241 11296 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.967 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.91 Å2 / Biso mean: 50.553 Å2 / Biso min: 24.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.804 Å2-0 Å2-0.488 Å2
2---1.056 Å20 Å2
3----0.749 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→30.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2103 0 0 63 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5472898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.087795
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.398-2.640.3341300.2742411254188
2.64-3.0210.3061490.2542700284997
3.021-3.8060.281180.2322784290299
3.806-30.9780.2671390.2232865300499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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