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万見
- PDB-3n0r: Structure of the PhyR stress response regulator at 1.25 Angstrom ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n0r
タイトルStructure of the PhyR stress response regulator at 1.25 Angstrom resolution
要素Response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / sigma factor / receiver / response regulator / two-component signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / : / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / PhyR, sigma-like (SL) domain / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain ...Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / : / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / PhyR, sigma-like (SL) domain / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.251 Å
データ登録者Herrou, J. / Crosson, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: A structural model of anti-anti-sigma inhibition by a two-component receiver domain: the PhyR stress response regulator
著者: Herrou, J. / Foreman, R. / Fiebig, A. / Crosson, S.
履歴
登録2010年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3232
ポリマ－31,2311
非ポリマー921
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.182, 61.198, 53.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Response regulator


分子量: 31230.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: CC_3477, PhyR / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9A2S9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 70 mM sodium acetate (pH 4.6), 20% glycerol (w/v), 16% PEG 600, 40 mM potassium phosphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月5日
放射モノクロメーター: Kohzu monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→28.6 Å / Num. all: 74275 / Num. obs: 73384 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 56.8
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: an unpublished model of Caulobacter crescentus PhyR solved by SAD to 1.6 Angstrom resolution.

解像度: 1.251→28.38 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 14.42 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1735 2000 2.83 %
Rwork0.1538 --
obs0.1544 70767 93.9 %
all-74275 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.886 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7817 Å2-0 Å20.1426 Å2
2---5.0426 Å20 Å2
3----2.7391 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.251→28.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 6 281 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.082984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2512-1.29590.20441660.18075722X-RAY DIFFRACTION79
1.2959-1.34780.21621830.15536273X-RAY DIFFRACTION86
1.3478-1.40920.16161920.1346617X-RAY DIFFRACTION91
1.4092-1.48340.15921980.12076804X-RAY DIFFRACTION93
1.4834-1.57640.15162050.10777011X-RAY DIFFRACTION96
1.5764-1.69810.13792060.10857108X-RAY DIFFRACTION97
1.6981-1.86890.12712090.11577184X-RAY DIFFRACTION98
1.8689-2.13930.15242110.12447268X-RAY DIFFRACTION99
2.1393-2.6950.17232130.14867342X-RAY DIFFRACTION100
2.695-28.38740.1842170.16827438X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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