PDB-3n0c: TM0449 mutant crystal grown by hanging drop method

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n0c

タイトル

TM0449 mutant crystal grown by hanging drop method

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / Crystals in loops / thyX / FDTS

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinemet / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Mathews, I.I.

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: Diffraction study of protein crystals grown in cryoloops and micromounts.
著者: Berger, M.A. / Decker, J.H. / Mathews, I.I.

履歴

登録	2010年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n0c.cif.gz	363.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n0c.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n0c_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n0c_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	3n0c_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	3n0c_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mzqC 3mzrC 3n02C 3n03C 3n0bC 3nobS 3no2 3no3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1o29-d 5chp-1 3g4a-d 3n0b-d 1o27-d 5ioq-d 4gt9-1 1o25-d 5ios-d 1o28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.549, 116.718, 141.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27312.453 Da / 分子数: 4 / 変異: F158A,W160A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: thy1, thyX, tm0449, TM_0449 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 49% PEG 200, 0.1M HEPES (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 40698 / Num. obs: 40698 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinemet
開始モデル: PDB ENTRY 3NOB

3nob

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 14.448 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24754	2037	5 %	RANDOM
R_work	0.19308	-	-	-
obs	0.19585	38582	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7133	0	292	46	7471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	2.002	10372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	3	12727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.335	22.403	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.903	15	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.767	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.216	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	8197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.826	1.5	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.192	1.5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.566	2	6976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.35	3	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.784	4.5	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	147	-
R_work	0.228	2763	-
obs	-	-	98.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.442	-0.0273	0.3591	0.353	0.1179	2.1232	-0.0155	-0.0262	0.0497	-0.0121	0.0272	-0.0144	-0.1682	-0.1992	-0.0117	0.0339	0.0049	-0.0094	0.0297	0.0078	0.0144	27.9462	60.473	122.2836
2	0.5855	0.4511	0.0952	1.2306	0.6182	0.9967	0.0321	0.0096	-0.0002	-0.1618	0.0275	-0.1647	-0.0874	0.0946	-0.0596	0.0425	-0.0061	0.0354	0.0496	0.0068	0.0341	44.6117	45.289	97.573
3	0.3925	0.0104	-0.2855	0.4275	0.0523	1.1348	0.0381	0.023	-0.0716	-0.0204	0.0169	0.0102	0.0903	-0.1109	-0.055	0.0259	-0.0188	-0.0081	0.0229	-0.012	0.0636	25.3851	28.1309	105.3929
4	0.2999	-0.1868	-0.0702	1.2616	0.8538	1.1372	0.0047	-0.0357	-0.0504	0.1925	0.0829	-0.1527	0.1197	0.0811	-0.0876	0.0342	0.0057	-0.0341	0.0504	0.0111	0.0439	40.8277	40.5679	133.6474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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