PDB-3n08: Crystal Structure of a Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n08

タイトル

Crystal Structure of a Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP) Homolog CT736 from Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX

要素

Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP)

キーワード

PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein / eukarytic homolog Raf Kinase Inhibitor Protein (RKIP). CSGID / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / National Institutes of Health / Department of Health and Human Services / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

YbhB/YbcL / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / UPF0098 protein CT_736

機能・相同性情報

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.25 Angstrom Crystal Structure of a Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP) Homolog CT736 from Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n08.cif.gz	202.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n08.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3n08_validation.pdf.gz	412.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n08_full_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示
XML形式データ	3n08_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	3n08_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n08	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1fuxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1beh-d 4d2l-1 4d2m-d 5ajk-3 6dwu-25 5zkg-d 6dwu-36 5c1u-d 1cl0-d 4ght-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90355

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP)

B: Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP)

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.115, 37.847, 55.101
Angle α, β, γ (deg.)	105.44, 96.50, 108.36
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative PhosphatidylEthanolamine-Binding Protein (PEBP) 分子量: 16792.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) 株: D/UW-3/CX / 遺伝子: CT_736, ybcL / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: O84741
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20%PEG 3350,0.2M Ca Chloride , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 70466 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.75
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_348)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FUX

1fux

解像度: 1.25→26.19 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.173	3540	5.02 %
R_work	0.152	-	-
obs	0.153	70448	94.8 %
all	-	70448	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.73 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0914 Å²	0.0032 Å²	0.127 Å²
2-	-	-0.0771 Å²	0.0141 Å²
3-	-	-	-0.0143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→26.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2345	0	7	585	2937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.373	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.679	975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2491-1.2937	0.2721	326	0.2332	6492	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2937-1.3455	0.2123	371	0.2041	6534	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3455-1.4067	0.2074	334	0.1862	6569	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4067-1.4809	0.1964	326	0.1667	6650	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4809-1.5737	0.2011	373	0.1526	6682	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5737-1.6952	0.1751	370	0.1448	6688	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6952-1.8657	0.1697	346	0.1417	6776	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8657-2.1356	0.158	390	0.135	6766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1356-2.6902	0.1597	348	0.1407	6934	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6902-26.1916	0.1551	356	0.1448	6817	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1758	0.113	-0.0311	0.0711	-0.0227	0.0489	-0.0144	-0.0743	0.0521	0.2282	0.0384	0.0082	-0.164	0.0573	0.0002	0.1044	0.0107	-0.012	0.0768	-0.0101	0.0864	5.9534	8.4024	9.6548
2	0.0334	0.034	0.0225	0.0419	0.0096	0.0295	-0.0419	0.0078	0.1855	0.1338	0.0478	-0.0259	-0.1264	-0.0697	-0	0.0934	0.0169	-0.0089	0.0778	-0.0133	0.0766	-4.4868	12.4023	6.4114
3	0.027	0.0038	-0.007	0.0314	0.0088	0.0224	-0.0059	-0.0204	0.0724	-0.1204	-0.0364	-0.0659	-0.1094	-0.0191	-0.0019	0.0896	-0.0047	-0.0135	0.0674	0.0094	0.0835	-4.538	14.2786	-5.4621
4	0.0898	0.0295	-0.0184	0.0184	0.0149	0.0503	-0.0585	0.2079	0.0259	-0.054	0.0345	-0.0004	-0.0559	0.0352	0.0023	0.0732	0.0005	-0.0077	0.0863	0.0093	0.069	-3.109	10.2675	-7.3821
5	0.0236	0.0093	0.0048	0.0448	-0.0143	0.0064	-0.0499	-0.0638	0.1237	0.141	-0.037	-0.1206	-0.0968	0.028	-0.0001	0.0825	-0.0009	-0.0091	0.0916	-0.0045	0.0936	10.2367	4.6781	9.0405
6	0.0257	0.0042	0.0136	0.012	0.0282	0.0652	0.0147	-0.2339	-0.0214	0.128	0.0953	-0.0509	0.0574	0.0329	0.0021	0.0957	0.021	-0.0199	0.1086	0.0024	0.0935	17.7784	-5.3273	10.3218
7	0.018	-0.0043	0.0057	0.0002	-0.0047	0.0027	0.0884	-0.0984	-0.1166	-0.0348	-0.0387	0.0646	0.0749	-0.0395	-0.0049	0.0683	0.0036	-0	0.0693	-0.0017	0.0863	0.1466	-2.2479	2.6989
8	0.0349	0.0092	-0.0389	0.0734	0.0003	0.0474	0.0124	0.0888	-0.2418	-0.1073	-0.0114	-0.1487	0.0651	-0.0012	0.0001	0.1108	0.005	0.0171	0.098	-0.0124	0.1518	-15.556	-5.7564	-1.4098
9	0.17	-0.1109	-0.105	0.2993	-0.0603	0.1354	0.0549	0.0547	0.0313	-0.0321	-0.0399	-0.0532	-0.0167	0.0376	-0.0033	0.0692	0.0115	0.0047	0.0787	-0.0084	0.0914	6.7029	0.52	-2.6368
10	0.0235	0.0011	-0.0233	0.0072	0.0095	0.0386	0.0481	0.2307	0.2294	-0.2057	-0.0457	0.0428	-0.0068	-0.1521	0.0002	0.1142	0.0066	-0.0023	0.1247	-0.0215	0.113	-2.7576	-4.9301	-9.9173
11	0.0467	0.0028	-0.0202	0.0383	-0.0107	0.0093	0.1224	0.2082	0.0124	-0.0907	-0.0545	-0.0108	0.0105	-0.0366	0.0001	0.0783	0.0015	0.0007	0.098	-0.0001	0.0968	-7.8404	4.1535	-6.5714
12	0.0065	0.0028	0.0003	0.0119	-0.0115	0.0125	0.0068	-0.0844	0.0451	0.0076	-0.052	-0.0464	0.0822	-0.142	0	0.065	0.0001	-0.007	0.1023	-0.0033	0.1018	-16.2627	6.4956	0.984
13	0.1842	-0.0376	-0.0435	0.1553	-0.1155	0.1103	0.0114	0.0027	-0.0543	-0.0251	0.0008	0.018	0.0595	0.0133	0.0134	0.0728	0.0068	-0.0046	0.0599	-0.0052	0.0857	4.6253	-4.9918	3.8735
14	0.1467	-0.0618	0.067	0.0778	-0.0709	0.0815	0.1593	0.3012	-0.0898	0.0585	-0.0903	-0.0325	0.1501	-0.0136	-0.0001	0.1062	0.025	-0.0186	0.1199	-0.0043	0.1029	1.8416	-12.9671	-1.757
15	0.1662	0.0633	-0.0291	0.0243	-0.0042	0.1035	0.0217	-0.0333	-0.0882	0.0336	-0.0026	0.083	0.0773	-0.0186	-0.0126	0.0937	0.01	-0.0218	0.0644	0.0012	0.0855	3.7974	-5.0217	9.4952
16	0.017	-0.0164	-0.0005	0.0398	0.0033	0.0651	-0.0006	0.04	0.0044	-0.0424	0.0313	0.1547	-0.1567	-0.2255	-0.0026	0.0767	0.0136	-0.0158	0.0963	0.0063	0.0868	-12.9741	10.7851	-1.5263
17	0.0977	0.0393	0.0282	0.0576	-0.0302	0.0435	-0.0439	-0.0631	0.0739	-0.0629	-0.0337	0.1046	-0.1229	-0.0495	-0	0.0984	-0.0033	-0.0078	0.0826	0.0029	0.0974	2.8184	-5.3847	18.9831
18	0.9327	0.074	-0.0045	0.1001	0.1227	0.3519	0.1183	0.0417	0.3579	-0.0156	0.0112	-0.0961	-0.2156	0.1203	0.0276	0.1036	-0.0262	-0.0119	0.1103	0.0234	0.0591	13.8401	-1.8339	21.1693
19	0.0175	-0.0099	-0.0148	0.0117	0.0112	0.013	-0.058	-0.1182	0.1708	0.1406	0.028	-0.1142	-0.1873	0.1667	-0	0.1487	-0.0242	-0.0141	0.1222	-0.0173	0.0868	12.4127	-1.4601	34.194
20	0.1966	0.1458	-0.265	0.1569	-0.1847	0.3527	-0.0082	-0.0408	0.0496	0.0531	-0.0096	0.0309	-0.081	0.0438	0.0001	0.0909	-0.0016	-0.003	0.1125	-0.0096	0.0862	5.2697	-6.9324	28.9088
21	0.0044	-0.0073	0.0063	0.0116	-0.0141	0.0321	-0.1374	0.4028	-0.0225	-0.2412	0.1273	0.2433	0.1575	-0.1649	-0.0001	0.1746	-0.1104	-0.0614	0.2565	0.0424	0.1217	-10.5272	-18.3239	15.622
22	0.0304	0.0023	-0.0719	0.0002	-0.0097	0.1849	0.0701	0.1028	-0.0948	0.025	-0.0298	-0.0335	0.1247	0.093	-0.0012	0.0781	-0.0051	0.0015	0.1092	0.0145	0.0756	10.6519	-16.5612	25.0684
23	0.0358	0.0002	-0.0161	0.0463	0.0333	0.0303	0.0823	-0.1592	-0.1714	0.16	-0.1168	0.1573	-0.0325	-0.0227	0.0001	0.1121	-0.0018	0.0096	0.1276	0.0127	0.1627	24.0641	-22.8222	28.4059
24	0.1916	0.1501	-0.1982	0.2058	-0.1077	0.2238	0.0173	-0.009	0.0811	-0.0072	-0.0136	0.0135	0.0675	-0.0971	0.0016	0.0763	-0.005	0.0053	0.112	0.0036	0.0879	1.5778	-15.0366	28.0508
25	0.0058	0.0041	-0.0084	0.0056	-0.0088	0.0149	0.0836	0.184	0.1984	0.0129	0.1224	-0.1081	-0.0458	-0.1613	-0.0001	0.1171	0.0009	0.0122	0.1798	-0.036	0.1399	1.2115	-5.8213	33.363
26	0.0936	0.1213	0.029	0.178	0.0689	0.0461	0.0789	-0.2862	0.1199	0.0587	-0.0707	0.1242	0.0488	-0.1257	0.0001	0.1118	-0.0012	0.0104	0.1495	0.004	0.103	2.7352	-18.0724	34.5822
27	0.0116	0.0159	0.0113	0.0454	-0.003	0.0201	-0.0854	-0.2149	0.0544	0.1558	0.0091	0.0878	0.2371	-0.0624	0.0001	0.124	0.0001	0.0144	0.1306	0.0097	0.095	9.9683	-17.4664	36.7403
28	0.3518	-0.0481	-0.2509	0.1107	-0.132	0.5429	0.0388	-0.066	-0.0779	0.0486	-0.0366	-0.0385	0.173	0.044	-0.1097	0.0949	-0.0075	-0.0058	0.1053	0.0157	0.0786	9.2764	-16.3982	25.7724
29	0.0388	0.0016	-0.0325	0.0318	0.0248	0.0544	-0.1036	-0.2626	-0.0847	-0.0636	0.0938	0.0632	-0.0886	-0.0147	-0.0001	0.2127	-0.0011	-0.0028	0.187	0.0141	0.1294	4.4376	-26.7503	32.3173
30	0.0142	0.0069	-0.0037	0.0185	0.0077	0.0066	-0.1276	0.1772	-0.1022	0.0713	0.0339	0.2068	0.2827	0.1296	-0.0001	0.2976	0.0214	-0.0324	0.1113	-0.0054	0.119	7.4112	-29.1652	24.3824
31	0.1764	0.0064	0.0636	0.1373	-0.0957	0.1261	-0.0603	0.1439	-0.0896	-0.225	0.1062	-0.2154	0.1615	0.0752	-0.0124	0.1358	-0.0156	-0.0205	0.063	-0.0127	0.0582	2.6529	-20.614	17.1373
32	0.0316	-0.0415	-0.0109	0.093	-0.0008	0.0657	-0.0323	0.0028	0.1383	0.1492	-0.0842	0.0494	-0.0883	0.3336	0.019	0.1034	-0.0366	-0.0194	0.1478	0.019	0.0713	19.9001	-4.2862	29.6363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -1:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 7:14)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 15:18)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 19:28)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 29:35)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 36:39)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 40:48)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 49:59)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 60:87)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 88:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 95:101)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 102:105)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 106:121)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 122:131)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 132:145)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 146:149)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID -2:8)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 9:13)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 14:17)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 18:35)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 36:39)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 40:50)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 51:59)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 60:74)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN B AND RESID 75:78)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN B AND RESID 79:90)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN B AND RESID 91:96)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN B AND RESID 97:121)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN B AND RESID 122:126)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN B AND RESID 127:131)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN B AND RESID 132:143)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN B AND RESID 144:150)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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