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- PDB-3myj: Human Class I MHC HLA-A2 in complex with the WT-1 (126-134) (R1Y)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3myj
タイトルHuman Class I MHC HLA-A2 in complex with the WT-1 (126-134) (R1Y) peptide variant.
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Wilms tumor protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / WT-1 peptide / R1Y mutation / nonapeptide / MHC class I / HLA-A2 / cancer vaccine / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / podocyte differentiation / cardiac muscle cell fate commitment / double-stranded methylated DNA binding / tissue development / hemi-methylated DNA-binding / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / germ cell development / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / vasculogenesis / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / cellular response to cAMP / epithelial cell differentiation / RNA splicing / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / kidney development / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / negative regulation of cell growth / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / male gonad development / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like ...Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2-type / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Wilms tumor protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Structures of native and affinity-enhanced WT1 epitopes bound to HLA-A*0201: Implications for WT1-based cancer therapeutics.
著者: Borbulevych, O.Y. / Do, P. / Baker, B.M.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Wilms tumor protein
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Wilms tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7907
ポリマ－89,6986
非ポリマー921
水8,971498
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Wilms tumor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9414
ポリマ－44,8493
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Wilms tumor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8493
ポリマ－44,8493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.202, 62.826, 74.755
Angle α, β, γ (deg.)81.910, 75.900, 77.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLUGLUAA182 - 275182 - 275
21THRTHRGLUGLUDD182 - 275182 - 275
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Wilms tumor protein / WT33


分子量: 1115.300 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 126-134 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 由来: (合成) homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19544
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 24%, MES 0.025M, KCl 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→20 Å / Num. all: 68117 / Num. obs: 66006 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.232 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3304 / Χ2: 1.098 / % possible all: 95.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.6 Å19.81 Å
Translation3.6 Å19.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TVB

1tvb


解像度: 1.89→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.836 / SU B: 8.365 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / SU Rfree: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3333 5.1 %RANDOM, 5 %
Rwork0.185 ---
all0.188 68568 --
obs0.188 65990 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.1 Å2 / Biso mean: 20.664 Å2 / Biso min: 7.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.89 Å20.58 Å2
2---0.72 Å20.33 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 6 498 6830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0216599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9248976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7725786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52323.25360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.133151073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0241556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.53866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82826248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01132733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6674.52716
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A736MEDIUM POSITIONAL0.260.5
1A736MEDIUM THERMAL1.152
2B836MEDIUM POSITIONAL0.260.5
2B836MEDIUM THERMAL12
LS精密化 シェル解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 225 -
Rwork0.267 4148 -
all-4373 -
obs--87.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18940.17860.12721.4493-0.45832.2473-0.03530.02280.18410.0666-0.01790.0535-0.23050.00150.05330.06320.026-0.00330.0389-0.00910.04842.58713.6936.676
21.9158-2.0619-1.1784.42832.08843.27550.12050.155-0.0855-0.3601-0.0925-0.02520.22610.0651-0.02810.10310.0221-0.00610.0243-0.00930.02586.002-19.674-6.36
32.06391.8768-0.57073.9565-0.80811.737-0.07470.12270.0222-0.13280.11490.30480.0877-0.2307-0.04030.01970.0057-0.00430.08210.01590.0405-11.169-4.894-7.043
40.9396-0.24080.17861.76660.50041.9415-0.06710.00990.08730.05770.0449-0.1163-0.0830.09870.02220.0620.01950.01470.05210.02210.029429.546-13.52926.29
54.27791.4652-2.75772.2306-1.03012.84790.0840.0121-0.03970.0145-0.08410.0061-0.0267-0.15470.00010.02270.01220.0070.03730.00990.014412.836-42.57238.971
60.8801-0.63790.14374.88270.58892.24120.009-0.0291-0.06880.05540.013-0.15170.05010.0364-0.02210.01590.02520.00110.04760.00930.016634.417-36.22839.705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A183 - 275
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 182
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D183 - 275
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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