PDB-3myf: The Crystal Structure of the HPT domain from the Hpt Sensor Hybri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3myf

タイトル

The Crystal Structure of the HPT domain from the Hpt Sensor Hybrid Histidine Kinase from Shewanella to 1.80A

要素

Sensor protein

キーワード

TRANSFERASE / HPT / histidine kinase / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella sp. W3-18-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the HPT domain from the Hpt Sensor Hybrid Histidine Kinase from Shewanella to 1.80A
著者: Stein, A.J. / Tesar, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3myf.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3myf.ent.gz	171.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3myf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3myf_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3myf_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	3myf_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	3myf_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5aiq-1 3njl-3 3gh3-2 3rtx-1 6ape-d 5y4s-9 3p42-1 6z31-d 2hth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC36647.3

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (17) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sensor protein

B: Sensor protein

C: Sensor protein

D: Sensor protein

53.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sensor protein

B: Sensor protein

ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sensor protein

D: Sensor protein

ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
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3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.889, 71.188, 95.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sensor protein 分子量: 13454.894 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 805-923 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella sp. W3-18-1 (バクテリア) 株: W3 / 遺伝子: Sputw3181_1245 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A1RHE3, UniProt: A0A6N3J2V7*PLUS, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Sensor protein

分子量: 13454.894 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 805-923 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shewanella sp. W3-18-1 (バクテリア)
株: W3 / 遺伝子: Sputw3181_1245 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A1RHE3, UniProt: A0A6N3J2V7*PLUS, histidine kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 8% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43778 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 2.43 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	5.3	0.579	4325	0.93	100
1.86-1.94	5.3	0.396	4318	0.992	100
1.94-2.03	5.3	0.26	4340	1.162	100
2.03-2.13	5.3	0.182	4327	1.349	100
2.13-2.27	5.3	0.128	4363	1.617	100
2.27-2.44	5.3	0.104	4355	1.868	100
2.44-2.69	5.3	0.088	4381	2.333	100
2.69-3.08	5.2	0.081	4427	3.424	100
3.08-3.88	5.1	0.064	4431	4.46	100
3.88-50	4.9	0.056	4511	6.432	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.8→32.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.565 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	2208	5.1 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.225	43658	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3484	0	0	217	3701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	1.999	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.28	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.295	27.174	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.819	15	683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.279	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.512	1.5	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.869	2	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.771	3	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.576	4.5	1105

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	138	-
R_work	0.286	2707	-
all	-	2845	-
obs	-	-	88.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	35.4396	-8.9801	8.0679	8.2327	-9.9631	12.3838	-0.5939	-0.9403	1.1067	0.9537	0.4239	-0.273	-1.2345	-0.4625	0.17	0.2857	-0.1182	-0.0237	0.2289	0.0981	0.3548	27.2781	-26.5278	-15.3564
2	0.305	0.642	-1.4862	6.9198	-10.5837	17.2585	0.355	0.0311	0.0712	0.1026	-0.274	0.0754	-0.7943	0.4564	-0.081	0.4165	-0.1284	-0.0471	0.6574	0.2994	0.3857	30.0732	-26.1028	-24.5744
3	22.5659	-0.7584	-11.6533	19.1437	-14.7438	18.0028	0.2828	0.7375	0.5239	-0.8693	-1.0226	-1.3152	0.5474	0.426	0.7398	0.1982	0.0391	0.0206	0.8694	0.158	0.3093	31.3486	-29.2498	-30.6199
4	9.9843	2.7414	-10.0108	12.433	-5.096	10.5104	0.193	-0.4229	-0.4431	-1.0643	-0.671	-0.2887	0.0264	0.5641	0.478	0.3746	-0.045	-0.0877	0.6993	0.1473	0.2955	25.1002	-24.5887	-33.5736
5	34.2524	2.5255	7.1987	0.5825	1.851	36.0308	-0.1925	0.7182	-1.747	-0.2893	-0.1512	-0.3977	0.4593	0.758	0.3438	0.5194	0.1722	0.1452	0.3648	0.2526	0.4354	18.136	-26.9813	-30.1343
6	8.6439	1.1716	-6.7889	2.6757	-5.0416	12.1721	0.3176	0.7162	-0.1811	0.0942	0.0418	0.3671	-0.434	-0.4719	-0.3594	0.1443	0.0257	-0.1343	0.1207	0.0234	0.3258	10.9176	-29.7484	-22.6085
7	19.6403	1.7108	-4.6291	16.1599	-6.8077	3.6534	0.2949	0.1385	-0.0451	0.1679	-0.0285	0.6572	-0.1298	-0.0291	-0.2664	0.0829	-0.0109	-0.0471	0.2002	0.0989	0.2423	7.0942	-35.2272	-14.9458
8	0.8557	-2.8713	0.5054	10.2972	-0.9011	1.2744	-0.0619	-0.122	-0.142	0.4488	0	0.6198	0.1473	-0.6309	0.0618	0.1142	-0.0724	0.0188	0.403	0.0739	0.3808	4.5985	-42.6517	-10.7946
9	11.9021	5.1351	-4.6211	2.3803	-2.9855	7.8247	-0.0962	0.1729	0.3012	-0.059	0.0785	0.1275	0.161	-0.1112	0.0177	0.113	-0.0005	-0.0767	0.1448	0.1055	0.3505	9.4881	-44.4094	-18.2428
10	21.4685	8.3358	-10.1898	6.5477	-6.2268	6.505	0.3663	0.2144	-0.4835	-0.5114	-0.2163	0.413	0.1922	0.3935	-0.15	0.2065	-0.1418	-0.1468	0.6635	-0.0869	0.2411	17.4665	-39.34	-22.7701
11	7.7756	-0.4751	-2.7504	2.6342	0.1411	8.5272	0.3067	0.6241	-0.1203	-0.2194	-0.2323	-0.1847	0.2381	0.5919	-0.0745	0.1136	-0.0035	-0.0611	0.2529	0.0979	0.1747	24.6328	-33.5723	-21.5835
12	15.9415	0.2277	1.735	12.3902	-3.138	1.0106	-0.1198	0.1926	-0.0778	-0.0887	0.0676	-0.2781	0.0279	0.0521	0.0521	0.0775	0.0055	-0.0519	0.2458	0.0614	0.1339	24.0474	-39.3606	-15.2314
13	5.7685	-2.0486	-2.2058	15.5986	-6.2955	4.2176	0.1465	-0.3426	-0.1046	-0.1338	-0.1426	0.0646	-0.0024	0.2681	-0.0039	0.0854	0.0249	-0.0765	0.2156	0.0025	0.2662	18.7764	-46.0197	-14.9061
14	7.3233	-6.0591	-6.0068	11.2531	10.686	12.1401	-0.0237	0.0628	-0.1042	-0.2927	-0.0853	-0.1147	0.094	0.3547	0.1091	0.1504	0.0272	-0.0271	0.1443	0.1387	0.3311	14.8219	-50.8605	-12.5151
15	9.2146	14.3238	-3.5452	23.9456	-1.5691	10.6365	0.1973	0.054	0.1963	0.4102	-0.1144	0.3196	0.0733	-0.5134	-0.0829	0.1136	0.0527	0.0116	0.2728	0.2039	0.2721	13.5045	-43.9677	-5.1783
16	8.7109	0.218	1.3905	11.4191	2.178	21.1048	-0.3072	-0.3429	-0.1916	0.5148	0.2841	-0.0656	-0.0364	0.512	0.0231	0.062	-0.0169	-0.0285	0.1388	0.1325	0.1748	16.8306	-37.2768	-8.9058
17	6.3835	0.9668	-8.0171	11.6701	-6.3632	12.5995	0.1531	-0.5677	0.3638	0.4956	0.2395	0.3624	-0.4901	0.5401	-0.3926	0.1525	-0.0235	-0.0617	0.1851	0.0214	0.2459	17.5093	-28.9821	-12.7629
18	2.3034	2.1085	-7.2322	23.025	-18.527	29.4331	0.5189	0.1073	-0.1281	0.7434	-0.4883	0.7501	-1.7257	0.0166	-0.0307	0.3408	-0.1565	-0.061	0.1734	0.0845	0.3425	18.0831	-21.7028	-19.2557
19	15.7401	26.655	-5.8641	57.2508	-15.3236	4.6141	1.123	0.5513	-0.59	1.9031	-1.2893	-0.9173	-0.5969	0.793	0.1663	1.1221	0.015	0.1456	0.4765	0.0478	0.2354	22.4719	-16.8167	-25.872
20	2.6994	-0.9912	-0.5324	2.6892	0.6418	2.0233	0.014	-0.1181	-0.1007	0.1553	0.0363	-0.2117	0.2269	0.3176	-0.0503	0.1331	0.0067	-0.0276	0.1112	0.0044	0.133	8.6266	-29.0988	-39.928
21	3.0747	3.242	-6.53	46.2209	25.0959	44.3776	0.3923	0.5857	0.1524	-0.9241	-0.6232	-0.7638	-1.6612	0.0894	0.231	0.3578	0.0886	0.1361	0.9607	0.4063	0.4929	23.414	11.0314	-42.1579
22	11.1544	-1.8556	-11.6472	21.0709	-0.5646	12.5176	0.4079	0.3555	0.379	0.1595	-0.0074	0.5928	-0.6067	-0.4492	-0.4005	0.6142	0.2187	-0.0199	0.1962	0.0063	0.3898	13.6987	10.591	-37.9547
23	3.0241	1.8611	0.4341	7.7398	5.8227	4.7504	0.1698	-0.062	0.3415	0.2147	-1.1845	1.3952	0.0709	-1.0117	1.0147	0.5808	0.225	0.0909	0.3794	-0.0848	0.5017	9.3936	8.3413	-31.8612
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	886 - 890
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	897 - 901
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	902 - 909
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	910 - 915
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	916 - 921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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