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- PDB-3mxo: Crystal structure oh human phosphoglycerate mutase family member ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mxo
タイトルCrystal structure oh human phosphoglycerate mutase family member 5 (PGAM5)
要素Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / PGAM5 / phosphoglycerate mutase family member 5 / BXLBv68 / MGC5352 protein / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cold-induced thermogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / necroptotic process / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of pyruvate metabolism / GTPase activator activity ...negative regulation of cold-induced thermogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / necroptotic process / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of pyruvate metabolism / GTPase activator activity / macroautophagy / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Alfano, I. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Barr, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Alfano, I. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Barr, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Takeda, K. / Ichijo, H. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structures of PGAM5 Provide Insight into Active Site Plasticity and Multimeric Assembly.
著者: Chaikuad, A. / Filippakopoulos, P. / Marcsisin, S.R. / Picaud, S. / Schroder, M. / Sekine, S. / Ichijo, H. / Engen, J.R. / Takeda, K. / Knapp, S.
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,45922
ポリマ－46,0072
非ポリマー1,45220
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,45922
ポリマ－46,0072
非ポリマー1,45220
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.602, 70.946, 81.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial / Phosphoglycerate mutase family member 5 / Bcl-XL-binding protein v68


分子量: 23003.281 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM5 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q96HS1, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 327分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG-smear (PEG3350 & PEG MME5K), 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.48 Å / Num. all: 45741 / Num. obs: 45512 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6408 / Rsym value: 0.724 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing MADD res high: 1.95 Å / D res low: 29.87 Å / FOM acentric: 0.187 / FOM centric: 0.173 / Reflection acentric: 27745 / Reflection centric: 3391
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_11.9529.8700277453391
ISO_21.9529.870.7230.692178231287
ANO_11.9529.870000
ANO_21.9529.870.5540178230
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.39-29.8700283161
ISO_16.05-8.3900533164
ISO_14.98-6.0500705176
ISO_14.32-4.9800841168
ISO_13.88-4.3200972164
ISO_13.54-3.88001084171
ISO_13.28-3.54001168163
ISO_13.07-3.28001271176
ISO_12.9-3.07001350169
ISO_12.75-2.9001439170
ISO_12.62-2.75001523172
ISO_12.51-2.62001590173
ISO_12.42-2.51001663164
ISO_12.33-2.42001723170
ISO_12.25-2.33001742171
ISO_12.18-2.25001846171
ISO_12.11-2.18001900172
ISO_12.06-2.11001992170
ISO_12-2.06002024175
ISO_11.95-2002096171
ANO_18.39-29.870000
ANO_16.05-8.390000
ANO_14.98-6.050000
ANO_14.32-4.980000
ANO_13.88-4.320000
ANO_13.54-3.880000
ANO_13.28-3.540000
ANO_13.07-3.280000
ANO_12.9-3.070000
ANO_12.75-2.90000
ANO_12.62-2.750000
ANO_12.51-2.620000
ANO_12.42-2.510000
ANO_12.33-2.420000
ANO_12.25-2.330000
ANO_12.18-2.250000
ANO_12.11-2.180000
ANO_12.06-2.110000
ANO_12-2.060000
ANO_11.95-20000
ISO_28.39-29.872.2081.52728386
ISO_26.05-8.392.0431.36953381
ISO_24.98-6.051.4350.86870590
ISO_24.32-4.980.8720.61984190
ISO_23.88-4.320.6470.47497278
ISO_23.54-3.880.5890.531108491
ISO_23.28-3.540.5740.417116884
ISO_23.07-3.280.5790.429127188
ISO_22.9-3.070.5820.531135084
ISO_22.75-2.90.5470.445143987
ISO_22.62-2.750.5020.415152386
ISO_22.51-2.620.4860.413159087
ISO_22.42-2.510.4690.367166284
ISO_22.33-2.420.4480.288172286
ISO_22.25-2.330.3730.281167384
ISO_22.18-2.250.4920.66271
ISO_22.11-2.180000
ISO_22.06-2.110000
ISO_22-2.060000
ISO_21.95-20000
ANO_28.39-29.871.99302830
ANO_26.05-8.392.28505330
ANO_24.98-6.051.95407050
ANO_24.32-4.981.65708410
ANO_23.88-4.321.36209720
ANO_23.54-3.881.183010840
ANO_23.28-3.540.867011680
ANO_23.07-3.280.662012710
ANO_22.9-3.070.514013500
ANO_22.75-2.90.417014390
ANO_22.62-2.750.339015230
ANO_22.51-2.620.274015900
ANO_22.42-2.510.233016620
ANO_22.33-2.420.209017220
ANO_22.25-2.330.169016730
ANO_22.18-2.250.19070
ANO_22.11-2.180000
ANO_22.06-2.110000
ANO_22-2.060000
ANO_21.95-20000
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-57.854-26.746-15.674I33.760.85
2-90.765-29.676-17.703I42.620.86
3-86.447-11.499-7.06I54.720.49
4-79.855-8.9381.688I57.60.45
5-58.614-44.878-5.839I81.620.46
6-55.111-67.932-6.881I57.050.34
7-11.931-60.882-8.958I39.990.31
8-71.049-3.51-11.083I27.640.23
9-28.926-59.027-1.881I53.770.27
10-66.154-29.535-13.965I17.10.16
11-22.344-7.073-7.853I55.240.21
12-40.545-38.515-1.675I39.160.18
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
8.39-29.870.80.571283161
6.05-8.390.7350.462533164
4.98-6.050.6660.377705176
4.32-4.980.5650.271841168
3.88-4.320.4820.234972164
3.54-3.880.4130.2081084171
3.28-3.540.3490.1871168163
3.07-3.280.3170.1871271176
2.9-3.070.270.1831350169
2.75-2.90.2290.1861439170
2.62-2.750.2070.1591523172
2.51-2.620.1740.1421590173
2.42-2.510.1420.1091663164
2.33-2.420.1210.1151723170
2.25-2.330.0950.1031742171
2.18-2.250.0010.0011846171
2.11-2.18001900172
2.06-2.11001992170
2-2.06002024175
1.95-2002096171
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 31135
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.96-10054.30.835518
6.29-7.9650.40.864506
5.41-6.2949.30.854556
4.81-5.4155.30.89637
4.38-4.8154.90.928703
4.05-4.3855.80.926751
3.78-4.0558.40.923810
3.56-3.7862.10.924864
3.37-3.5665.20.909910
3.21-3.3764.70.904951
3.07-3.2167.10.895990
2.95-3.0766.90.8831032
2.84-2.9573.90.8671081
2.75-2.8473.20.8851110
2.66-2.7575.20.8721130
2.58-2.6676.60.8771184
2.5-2.5880.70.8731227
2.44-2.579.20.8531262
2.37-2.4481.30.8671267
2.32-2.3779.60.8741291
2.26-2.32830.8461307
2.21-2.2689.80.8611357
2.17-2.2192.20.861380
2.12-2.1789.20.8631448
2.08-2.1291.70.8451454
2.04-2.0889.20.8561468
2-2.0488.20.8251523
1.95-2900.7642418

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
SHARP位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.187 / WRfactor Rwork: 0.155 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / SU Rfree: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2283 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 45419 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.3 Å2 / Biso mean: 27.699 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 92 307 3413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9714440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91535803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.91121.783157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68615568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4481541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02709
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 160 -
Rwork0.375 3048 -
all-3208 -
obs--96.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3137-0.10620.29141.12250.54621.5978-0.0510.08670.09270.01120.0310.2825-0.0888-0.24250.020.02360.01780.01170.0710.05030.1008-7.89185.9902-4.4171
22.4131.0857-0.53261.2635-2.25076.4974-0.01490.06960.11390.1652-0.03240.0742-0.3-0.34360.04730.1073-0.05530.00710.2039-0.04630.1321-13.0789-10.0189-2.9984
31.3717-0.0478-0.03751.33520.08060.8907-0.00140.0849-0.0785-0.03770.03020.1252-0.0098-0.0663-0.02880.0175-0.0003-0.00060.0110.00130.03670.1274-2.8447-4.4771
40.48150.1207-0.06221.0303-0.62931.61470.0098-0.01170.00840.055-0.0708-0.1399-0.02210.24060.0610.0176-0.0146-0.00920.04760.00690.02124.45460.88091.1235
51.8881-0.31550.182.05591.96692.3384-0.00440.15110.0154-0.16210.0015-0.1189-0.17120.27060.00290.08540.0159-0.010.18340.0640.080123.8994-15.78411.7077
60.5577-0.005-0.05060.386-0.03110.99140.0237-0.0238-0.03930.0402-0.02590.00780.00130.06470.00220.0359-0.0068-0.00740.01040.00390.020813.7493-4.62661.6136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2A179 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 289
4X-RAY DIFFRACTION4B88 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5B177 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6B219 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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