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- PDB-3mxb: Molecular basis of engineered meganuclease targeting of the endog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mxb
タイトルMolecular basis of engineered meganuclease targeting of the endogenous human RAG1 locus
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
  • V2(K7E-G19S)
  • V3(E8K)
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of engineered meganuclease targeting of the endogenous human RAG1 locus.
著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / ...著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / Chion-Sotinel, I. / Paques, F. / Duchateau, P. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V3(E8K)
B: V2(K7E-G19S)
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
R: V3(E8K)
S: V2(K7E-G19S)
T: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
V: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,65816
ポリマ－109,1188
非ポリマー5408
水3,225179
1
A: V3(E8K)
B: V2(K7E-G19S)
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9249
ポリマ－54,5594
非ポリマー3655
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
2
R: V3(E8K)
S: V2(K7E-G19S)
T: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
V: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7347
ポリマ－54,5594
非ポリマー1753
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.050, 89.360, 86.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ARBS

#1: タンパク質 V3(E8K)


分子量: 19992.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
#2: タンパク質 V2(K7E-G19S)


分子量: 19826.590 Da / 分子数: 2 / Mutation: K7E,G19S,E8K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CTEV

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 7320.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 7418.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.

-
非ポリマー , 3種, 187分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.26M ammonium phosphate monobasic, 35%(v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.55 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→48.79 Å / Num. all: 50253 / Num. obs: 50179 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6950 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.84 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 2299 5.11 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1825 45021 97.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.722 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5997 Å2-0 Å20.3778 Å2
2---1.9848 Å2-0 Å2
3---2.5845 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4846 1956 24 179 7005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23310095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0062729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.3022190.21744200X-RAY DIFFRACTION97
2.3822-2.47760.23792420.18854219X-RAY DIFFRACTION97
2.4776-2.59030.23792390.17774225X-RAY DIFFRACTION98
2.5903-2.72680.28152060.18784284X-RAY DIFFRACTION98
2.7268-2.89760.27782370.19494284X-RAY DIFFRACTION98
2.8976-3.12120.22862190.18094291X-RAY DIFFRACTION99
3.1212-3.43510.23292420.15344292X-RAY DIFFRACTION98
3.4351-3.93160.17872310.1514278X-RAY DIFFRACTION98
3.9316-4.95130.19212340.1444325X-RAY DIFFRACTION98
4.9513-35.84390.20092300.17124324X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3410.2852-0.01960.4172-0.07040.0184-0.2184-0.21630.5488-0.03330.7388-0.6591-0.71550.7901-0.42910.5795-0.0280.13540.4202-0.18580.207522.7063-9.3582-17.323
21.8461-0.9876-0.22042.7523-0.11530.0444-0.46050.23360.18870.05720.2274-0.7066-0.0980.0560.05660.22160.02490.03890.2067-0.09380.215331.8062-9.0081.0801
32.70650.1710.52720.16190.13232.7076-0.80980.187-0.3005-0.17290.43050.0342-0.011-0.2620.25780.1938-0.05050.0210.2193-0.07990.159612.312-10.34023.0702
41.95590.11740.87292.1362-1.22761.3611-0.24180.1081-0.6485-0.05210.0651-0.36940.0475-0.22490.17080.324-0.02470.06980.2432-0.11230.219222.2163-14.3085-2.2349
51.2555-1.21910.8532.6582-0.22010.8119-0.16970.18240.5038-0.10390.0631-1.00820.04740.12510.04410.216-0.0250.09410.3697-0.09390.481138.0045-3.7428-0.8426
62.01180.12410.89740.41530.34840.6103-0.0133-1.1945-0.1397-0.08340.39060.31580.09840.2369-0.39480.59060.026-0.2390.4079-0.03070.862353.6763-7.906211.8839
70.9017-0.8489-0.36761.4854-0.32591.0885-0.10230.61460.15930.10630.0576-0.10190.395-0.84420.12650.67250.08060.17560.55170.21640.141911.8110.1186-17.1257
80.3476-0.14780.0821.6301-0.49810.64510.01330.24490.0631-0.23690.08630.1266-0.20180.15680.01610.26340.012-0.00450.20480.04560.03522.33139.84951.1983
99.25890.9264-4.52831.6791-0.87162.3249-0.14481.06361.1074-0.10410.4084-0.0491-0.2893-0.3025-0.07450.1616-0.06320.020.08890.10170.253821.924111.27593.2993
101.5238-0.7205-0.0272.6063-0.23720.7814-0.01160.03960.2671-0.14240.0767-0.3094-0.461-0.3119-0.06680.37530.00850.02250.31890.02110.21412.031415.4394-2.1736
113.2554-1.2293-0.52331.64430.44460.1247-0.02450.499-0.3748-0.3374-0.02260.3134-0.0518-0.12660.00270.2077-0.012-0.06220.3490.00680.097-3.43684.6238-3.0577
129.5666-6.55131.47216.0215-1.15392.6823-0.2357-0.1625-1.59040.74810.13531.15890.07810.2380.42180.22470.04030.24450.10660.07040.2965-11.77876.434311.989
131.27220.2624-0.55460.9657-0.52640.80970.29740.32230.39620.3950.24590.0913-0.3571-0.0681-0.45510.30070.1618-0.05820.34740.14940.38762.145820.05167.0739
142.74310.17210.10131.0969-0.11930.0185-0.456-0.2953-0.26620.61960.3543-0.1418-0.05140.05330.04930.3030.149-0.01540.2459-0.01470.15320.7623-3.912912.1148
155.4635-0.8303-1.35726.35972.19181.3401-0.18761.5441-1.1491.63070.2173-1.58670.7676-0.4019-0.49950.73690.25760.17960.515-0.40060.792935.2121-27.19477.8442
169.1308-2.4693-2.79011.7569-0.23682.01-0.3941.8870.04810.46160.8659-1.2015-0.1381-0.7489-0.59130.37110.33620.08210.8814-0.3080.768535.9161-21.92433.2257
173.2974-1.3546-1.12911.6288-0.0380.6997-0.6317-0.04750.2970.520.5063-0.1257-0.08980.0301-0.02350.33420.1627-0.03370.2358-0.0820.097414.91391.75912.7761
186.05110.99220.88589.54771.41213.22960.07611.01420.60981.28661.61351.4806-0.14560.824-1.52550.55660.0956-0.19330.48940.27190.6722-0.819628.9786.6812
190.8872-0.6047-1.55840.41441.06282.73710.31940.254-0.1269-0.3332-0.41640.1639-0.8462-0.39770.83240.6150.0856-0.07460.431-0.25180.147630.7742-13.4193-59.4723
201.0648-1.1491-0.19361.49140.49230.3060.03540.24-0.1023-0.1688-0.0635-0.18130.1326-0.07530.03790.21320.0018-0.02230.12610.03310.119239.6408-12.6084-41.0818
215.0412-0.89551.30251.76740.27581.3773-0.25880.0021-1.048-0.5170.26770.58680.1768-0.0963-0.02480.2312-0.0348-0.05020.1986-0.04580.373921.8036-14.6391-41.162
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242.57981.2963-2.26461.84431.67169.5526-0.1134-0.65231.36380.3218-0.0655-0.6399-1.22650.55520.28020.36230.092-0.17240.41440.12350.681559.4461-10.3819-29.8407
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291.471-0.765-0.56241.07610.05210.28270.15750.2344-0.3977-0.4425-0.18170.3533-0.05530.0770.02470.25710.0047-0.12170.26950.00910.15844.53771.8334-46.9607
300.54530.1241-0.73351.8813-0.23661.74190.0655-0.0593-0.2990.3931-0.04110.85290.25730.0217-0.0070.30470.0760.16860.29620.11250.3661-2.74512.2482-30.9779
312.1980.72262.11622.1773-1.47715.27220.96641.0059-0.37230.21190.12170.3302-0.12210.49-0.6120.30860.2756-0.10380.50280.2240.37558.156617.629-37.774
322.2709-0.07690.33041.2531-0.01921.0317-0.38930.0978-0.37020.41920.21870.02320.0506-0.04920.10970.25520.10560.01180.19380.06560.152528.2557-7.104-29.6387
336.86083.95143.80264.06791.23825.1658-0.50111.0334-2.36550.75711.5472-1.0366-0.30140.1749-0.42220.60160.25650.37730.4251-0.39140.88842.7269-31.8056-35.052
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351.0394-0.4944-0.27651.60720.85273.3190.67750.31251.04260.32860.81820.101-0.06810.0657-1.37220.36490.15140.23210.2781-0.04470.751833.8643-22.2852-32.4889
362.6095-1.194-0.26931.0929-0.56550.8692-0.40590.1283-0.00390.41050.27890.0486-0.1554-0.07310.07860.26790.1156-0.03420.18670.01460.103523.2849-1.0701-30.1342
370.4780.50980.18793.5843-2.00992.3712-0.38260.29250.65590.30810.70471.3774-0.2907-0.157-0.33160.46770.1558-0.17360.29880.17010.52146.505721.9425-34.5011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:8)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 9:44)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 45:53)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 54:86)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 87:148)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 149:154)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 2:8)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 9:44)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 45:53)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 54:86)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 87:139)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 140:154)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 501:509)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 510:519)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 520:524)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain E and resid 601:606)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 607:620)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 621:624)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain R and resid 2:8)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain R and resid 9:43)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain R and resid 44:58)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain R and resid 59:75)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain R and resid 76:145)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain R and resid 146:155)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain S and resid 2:10)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain S and resid 11:49)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain S and resid 50:54)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain S and resid 55:79)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain S and resid 80:138)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain S and resid 139:153)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain T and resid 501:508)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain T and resid 509:520)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain T and resid 521:524)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain V and resid 601:604)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain V and resid 605:608)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain V and resid 609:618)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain V and resid 619:624)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る