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- PDB-3mvd: Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mvd
タイトルCrystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle
要素
  • (DNA (146-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Regulator of chromosome condensation
キーワードSIGNALING PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / NUCLEOSOME CORE PARTICLE (NCP) / NCP-chromatin factor complex / 7-bladed beta-propeller / SIGNALING PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / ventral cord development / regulation of nucleocytoplasmic transport / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of mitotic spindle assembly / regulation of neurogenesis / condensed chromosome / regulation of mitotic cell cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development ...Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / ventral cord development / regulation of nucleocytoplasmic transport / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of mitotic spindle assembly / regulation of neurogenesis / condensed chromosome / regulation of mitotic cell cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / cell division / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Histone, subunit A / Histone, subunit A ...Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Regulator of chromosome condensation / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Makde, R.D. / England, J.R. / Yennawar, H.P. / Tan, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of RCC1 chromatin factor bound to the nucleosome core particle.
著者: Makde, R.D. / England, J.R. / Yennawar, H.P. / Tan, S.
履歴
登録2010年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (146-MER)
J: DNA (146-MER)
K: Regulator of chromosome condensation
L: Regulator of chromosome condensation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,62212
ポリマ－289,62212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.681, 183.036, 107.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 AEBFCGDHKL

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: HISTONE H3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYSS / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: HISTONE H4 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYSS / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC494591 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYSS / 参照: UniProt: Q6AZJ8
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: HISTONE H2B / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYSS / 参照: UniProt: P02281
#7: タンパク質 Regulator of chromosome condensation / Chromatin-binding protein Bj1


分子量: 45366.457 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal region (residues 2-422) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Bj1, CG10480, RCC1 (Bj1) / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLYSS / 参照: UniProt: P25171

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / Fragment: 147 BP Widom 601 DNA FRAGMENT (+ strand) / 由来タイプ: 合成
#6: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / Fragment: 147 BP Widom 601 DNA FRAGMENT (- strand) / 由来タイプ: 合成

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE DNA CODING SEQUENCES OF ALL THE PROTEINS PRESENT IN THIS STRUCTURE WERE ...AUTHORS STATE THAT THE DNA CODING SEQUENCES OF ALL THE PROTEINS PRESENT IN THIS STRUCTURE WERE VERIFIED BY DNA SEQUENCING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2sodium citrate11
3DTT11
4PEG2000-MME11
5sodium acetate12
6sodium citrate12
7DTT12
8PEG2000-MME12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111), side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 86335 / Num. obs: 85040 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.25
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 4232

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER(CCP4-6.1.1)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KX5, and Drosophila RCC1(not yet deposited in PDB)

1kx5


解像度: 2.9→34.701 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2155 1988 2.47 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1759 80508 94.08 %-
all-85574 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.174 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 87.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4139 Å2-0 Å20.8833 Å2
2---6.053 Å2-0 Å2
3---12.4669 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11757 5986 0 0 17743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62626466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0287299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0313043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.00360.31671710.27836740X-RAY DIFFRACTION81
3.0036-3.12380.31871860.26747226X-RAY DIFFRACTION87
3.1238-3.26580.29511860.25017613X-RAY DIFFRACTION92
3.2658-3.43790.30022040.22797940X-RAY DIFFRACTION95
3.4379-3.65310.23942080.18898029X-RAY DIFFRACTION96
3.6531-3.93480.19232180.17228086X-RAY DIFFRACTION97
3.9348-4.33010.20552010.14588141X-RAY DIFFRACTION98
4.3301-4.95510.17472090.13478232X-RAY DIFFRACTION99
4.9551-6.2370.18581950.15048291X-RAY DIFFRACTION99
6.237-34.70350.17522100.15038222X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1295 Å / Origin y: 16.9013 Å / Origin z: 31.8271 Å
111213212223313233
T0.2777 Å20.0731 Å20.0077 Å2-0.3052 Å20.001 Å2--0.2897 Å2
L1.2164 °20.5635 °2-0.0873 °2-0.9826 °2-0.1908 °2--0.2429 °2
S0.0308 Å °0.1199 Å °-0.0057 Å °0.018 Å °0.0196 Å °0.0891 Å °-0.0238 Å °-0.0486 Å °-0.0506 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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