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- PDB-3mvc: High resolution crystal structure of the heme domain of GLB-6 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mvc
タイトルHigh resolution crystal structure of the heme domain of GLB-6 from C. elegans
要素Globin protein 6
キーワードELECTRON TRANSPORT / GLOBIN / OXYGEN SENSOR / HEME-BINDING PROTEIN / C. ELEGANS / OXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRATE ION / PRASEODYMIUM ION / Globin-like protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Yoon, J. / Herzik Jr, M.A. / Winter, M.B. / Tran, R. / Olea Jr, C. / Marletta, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure and properties of a bis-histidyl ligated globin from Caenorhabditis elegans.
著者: Yoon, J. / Herzik, M.A. / Winter, M.B. / Tran, R. / Olea, C. / Marletta, M.A.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin protein 6
B: Globin protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,04217
ポリマ－37,6872
非ポリマー2,35515
水2,486138
1
A: Globin protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,25511
ポリマ－18,8441
非ポリマー1,41110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Globin protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7876
ポリマ－18,8441
非ポリマー9435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.582, 76.347, 62.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Globin protein 6


分子量: 18843.527 Da / 分子数: 2 / 断片: Globin 6 heme domain 195-355 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
株: N2 / 遺伝子: C18C4.9, glb-6 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q18086
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.0 M NaNO3 and 0.1 M Na(CH3COO) pH 4.5) and 1 ul of 10 mM praseodymium (III) acetate solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1158
シンクロトロンALS 5.0.320.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11581
20.97651
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 12 / Num. obs: 130779 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 3273 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.401→33.705 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 6482 5.1 %
Rwork0.1607 --
obs0.1629 127214 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.661 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7077 Å20 Å2-1.1109 Å2
2---2.1296 Å20 Å2
3----3.5781 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→33.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2525 0 126 138 2789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8543698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.157975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4012-1.41720.26472170.18813409X-RAY DIFFRACTION80
1.4172-1.43380.22951780.18043609X-RAY DIFFRACTION84
1.4338-1.45130.25522450.1613711X-RAY DIFFRACTION85
1.4513-1.46970.20271740.14433770X-RAY DIFFRACTION87
1.4697-1.4890.25631660.14543824X-RAY DIFFRACTION88
1.489-1.50940.18361940.14193884X-RAY DIFFRACTION89
1.5094-1.5310.21731880.14693851X-RAY DIFFRACTION89
1.531-1.55380.22432030.13913900X-RAY DIFFRACTION90
1.5538-1.57810.19472260.14083944X-RAY DIFFRACTION91
1.5781-1.6040.2242140.13853936X-RAY DIFFRACTION91
1.604-1.63170.17592170.13144022X-RAY DIFFRACTION93
1.6317-1.66130.20172450.14283995X-RAY DIFFRACTION93
1.6613-1.69330.22232200.13334086X-RAY DIFFRACTION94
1.6933-1.72780.1861910.13544070X-RAY DIFFRACTION94
1.7278-1.76540.20772530.13384057X-RAY DIFFRACTION94
1.7654-1.80650.20612290.12564132X-RAY DIFFRACTION95
1.8065-1.85160.16452360.12744158X-RAY DIFFRACTION96
1.8516-1.90170.2162370.13694152X-RAY DIFFRACTION96
1.9017-1.95770.19642620.13324117X-RAY DIFFRACTION96
1.9577-2.02080.19381910.13124230X-RAY DIFFRACTION97
2.0208-2.09310.15961900.13314279X-RAY DIFFRACTION97
2.0931-2.17680.17562400.13524130X-RAY DIFFRACTION97
2.1768-2.27590.21482040.13934188X-RAY DIFFRACTION97
2.2759-2.39590.1642200.15084243X-RAY DIFFRACTION97
2.3959-2.54590.23422660.16064161X-RAY DIFFRACTION97
2.5459-2.74240.18651970.17074248X-RAY DIFFRACTION97
2.7424-3.01820.19492190.17114226X-RAY DIFFRACTION98
3.0182-3.45460.22742140.17724234X-RAY DIFFRACTION97
3.4546-4.3510.20182470.16184130X-RAY DIFFRACTION96
4.351-33.71510.20451990.19744036X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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