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- PDB-3muj: Early B-cell factor 3 (EBF3) IPT/TIG and dimerization helices -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3muj
タイトルEarly B-cell factor 3 (EBF3) IPT/TIG and dimerization helices
要素Transcription factor COE3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Immunoglobulin like fold / Helix-loop-heliX / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain ...Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor COE3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. ...Siponen, M.I. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Schueler, H. / Schutz, P. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Berglund, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Determination of Functional Domains in Early B-cell Factor (EBF) Family of Transcription Factors Reveals Similarities to Rel DNA-binding Proteins and a Novel Dimerization Motif.
著者: Siponen, M.I. / Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Johansson, I. / Svensson, L. / Raszewski, G. / Nilsson, L. / Sigvardsson, M. / Berglund, H.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor COE3
B: Transcription factor COE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7507
ポリマ－30,4932
非ポリマー2575
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.680, 134.680, 41.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor COE3 / Early B-cell factor 3


分子量: 15246.656 Da / 分子数: 2 / 断片: IPT/TIG and HLH domain (UNP residues 261-395) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ebf3, COE3 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRARE / 参照: UniProt: Q9H4W6
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.9
詳細: 0.1M BTP, 0.2M Naformate, 21% PEG3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH 2 SETS OF MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→44.1 Å / Num. obs: 32303 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 31.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 30.82
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 17.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEXデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MQI

3mqi


解像度: 1.92→44.1 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 2004 6.2 %
Rwork0.17 --
obs0.171 32297 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.21 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9334 Å2-0 Å20 Å2
2---1.9334 Å2-0 Å2
3---3.8667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→44.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 0 14 340 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4763010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.086831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.96290.25931110.20571702X-RAY DIFFRACTION76
1.9629-2.01590.21891350.18282035X-RAY DIFFRACTION93
2.0159-2.07520.22171420.17612171X-RAY DIFFRACTION98
2.0752-2.14220.21811480.16722186X-RAY DIFFRACTION100
2.1422-2.21880.19041380.16822167X-RAY DIFFRACTION98
2.2188-2.30760.22971470.1752203X-RAY DIFFRACTION99
2.3076-2.41260.20991470.1782195X-RAY DIFFRACTION99
2.4126-2.53980.21531490.18072204X-RAY DIFFRACTION100
2.5398-2.69890.18871440.17172194X-RAY DIFFRACTION99
2.6989-2.90720.2041480.16842211X-RAY DIFFRACTION99
2.9072-3.19960.19211500.18172226X-RAY DIFFRACTION99
3.1996-3.66230.20221520.16552221X-RAY DIFFRACTION100
3.6623-4.6130.14221420.1422257X-RAY DIFFRACTION100
4.613-38.88680.1781510.15712321X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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