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万見
- PDB-3mti: The Crystal Structure of a rRNA Methylase from Streptococcus ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mti
タイトルThe Crystal Structure of a rRNA Methylase from Streptococcus thermophilus to 1.95A
要素rRNA methylase
キーワードTRANSFERASE / SAM-dependent / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Putative rRNA methylase / Putative rRNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA methylase (SAM-dependent methyltransferase superfamily), putative
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stein, A.J. / Mulligan, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a rRNA Methylase from Streptococcus thermophilus to 1.95A
著者: Stein, A.J. / Mulligan, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA methylase
B: rRNA methylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9922
ポリマ－41,9922
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.331, 57.044, 75.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 rRNA methylase / SAM-dependent methyltransferase superfamily


分子量: 20995.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: stu1645 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5M2Z6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 28265 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.874 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.023.20.57828360.50499.9
2.02-2.13.20.40928340.56599.9
2.1-2.23.20.32628190.62799.9
2.2-2.313.30.27827841.04999.9
2.31-2.463.30.18428150.793100
2.46-2.653.30.13528380.946100
2.65-2.913.30.09628471.357100
2.91-3.333.30.07328362.074100
3.33-4.23.20.05728153.2398.5
4.2-503.20.06628417.75196.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.326 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1421 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 28165 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å2-2.44 Å2
2---4.43 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 0 125 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9833672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94724.959123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.94615462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5731515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6681.51718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22122749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1973990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2394.5922
LS精密化 シェル解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 112 -
Rwork0.387 1865 -
all-1977 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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