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- PDB-3msq: Crystal structure of a Putative ubiquinone biosynthesis protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3msq
タイトルCrystal structure of a Putative ubiquinone biosynthesis protein (Npun02000094) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 2.85 A resolution
要素Putative ubiquinone biosynthesis protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Coq4 superfamily / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Ubiquinone biosynthesis protein Coq4 / Coenzyme Q (ubiquinone) biosynthesis protein Coq4 / ubiquinone biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative ubiquinone biosynthesis protein (Npun02000094) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 2.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ubiquinone biosynthesis protein
B: Putative ubiquinone biosynthesis protein
C: Putative ubiquinone biosynthesis protein
D: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1614
ポリマ－103,1614
非ポリマー00
水00
1
A: Putative ubiquinone biosynthesis protein
D: Putative ubiquinone biosynthesis protein

A: Putative ubiquinone biosynthesis protein
D: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1614
ポリマ－103,1614
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7910 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area34340 Å2
手法PISA
2
A: Putative ubiquinone biosynthesis protein

A: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5812
ポリマ－51,5812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area2620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
3
B: Putative ubiquinone biosynthesis protein
C: Putative ubiquinone biosynthesis protein

B: Putative ubiquinone biosynthesis protein
C: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1614
ポリマ－103,1614
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
4
B: Putative ubiquinone biosynthesis protein

B: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5812
ポリマ－51,5812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
5
C: Putative ubiquinone biosynthesis protein

C: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5812
ポリマ－51,5812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
6
D: Putative ubiquinone biosynthesis protein

D: Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5812
ポリマ－51,5812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area2650 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.720, 82.030, 187.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
Putative ubiquinone biosynthesis protein


分子量: 25790.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: 23130561, Npun_R0350 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B2J5W7
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20.0000% polyethylene glycol 3000, 0.1M citric acid pH 5.5, Additive: 0.001 M Ubiquinone, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97937,0.97882
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979371
30.978821
反射解像度: 2.85→49.266 Å / Num. obs: 26383 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 86.669 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.85-2.921.110.998232356783.8
2.92-30.8391.287846340783.8
3-3.090.6881.617652331183.4
3.09-3.190.4632.317499325083.5
3.19-3.290.3323.157403316383.4
3.29-3.410.2614.127076303282.7
3.41-3.540.1895.386667287883.1
3.54-3.680.1327.516571279382.9
3.68-3.840.1059.366221265282.4
3.84-4.030.08511.16022256082.2
4.03-4.250.06913.45714241581.8
4.25-4.510.05515.35337225881.6
4.51-4.820.04817.35080213981.3
4.82-5.20.04916.84706197581.7
5.2-5.70.05217.44327182381.3
5.7-6.370.04817.33948165181.2
6.37-7.360.04120.23468145181.3
7.36-9.010.03524.82916120780.3
9.01-12.750.02730.9223393180.4
12.75-49.270.02831115248875.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PHENIX精密化
SHELX位相決定
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→49.266 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. B-FACTORS CONTAIN BOTH TLS AND RESIDUAL COMPONENTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1323 5.02 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 26370 --
原子変位パラメータBiso max: 192.91 Å2 / Biso mean: 74.634 Å2 / Biso min: 35.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.586 Å20 Å20 Å2
2---4.733 Å20 Å2
3---4.147 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6552 0 0 0 6552
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2266SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes164HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes958HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6704HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion856SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7601SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6704HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9090HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.03
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.97 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 157 5.24 %
Rwork0.246 2841 -
all0.247 2998 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02010.4072-1.13821.19460.18311.78750.0371-0.12320.2180.0640.0799-0.070.09590.1457-0.117-0.01630.0165-0.0183-0.0039-0.0295-0.1067-27.4763-39.923837.5483
23.0349-0.02910.00460.42690.4421.9852-0.0075-0.29790.4743-0.1720.1401-0.2751-0.19250.141-0.1327-0.1910.01910.0071-0.0195-0.128-0.01934.5221-30.535712.4399
32.7328-0.1727-0.2791.47570.23911.20510.094-0.22930.50720.0722-0.13760.2232-0.2182-0.00150.0436-0.0681-0.03940.0104-0.0748-0.0742-0.0783-35.9678-25.05474.1026
42.14640.3276-0.09954.31740.0541.2828-0.1599-0.0295-0.14110.05040.20541.0885-0.083-0.2052-0.04550.02230.02170.0597-0.31160.1-0.0206-57.1673-80.720747.0603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B6 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C6 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D6 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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