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- PDB-3ms5: Crystal Structure of Human gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ms5
タイトルCrystal Structure of Human gamma-butyrobetaine,2-oxoglutarate dioxygenase 1 (BBOX1)
要素Gamma-butyrobetaine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / gamma-butyrobetaine hydroxylase / gamma-butyrobetaine / 2-oxoglutarate dioxygenase 1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / : / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain ...NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / : / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / 2-(2-carboxyethyl)-1,1,1-trimethyldiazanium / Gamma-butyrobetaine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Krojer, T. / Kochan, G. / McDonough, M.A. / von Delft, F. / Leung, I.K.H. / Henry, L. / Claridge, T.D.W. / Pilka, E. / Ugochukwu, E. / Muniz, J. ...Krojer, T. / Kochan, G. / McDonough, M.A. / von Delft, F. / Leung, I.K.H. / Henry, L. / Claridge, T.D.W. / Pilka, E. / Ugochukwu, E. / Muniz, J. / Filippakopoulos, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K.L. / Schofield, C.J. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and mechanistic studies on gamma-butyrobetaine hydroxylase.
著者: Leung, I.K. / Krojer, T.J. / Kochan, G.T. / Henry, L. / von Delft, F. / Claridge, T.D. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-butyrobetaine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,83914
ポリマ－44,8621
非ポリマー97713
水7,440413
1
A: Gamma-butyrobetaine dioxygenase
ヘテロ分子

A: Gamma-butyrobetaine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,67828
ポリマ－89,7242
非ポリマー1,95426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area12750 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.366, 107.366, 205.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gamma-butyrobetaine dioxygenase / Gamma-butyrobetaine / 2-oxoglutarate dioxygenase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-BBH


分子量: 44861.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBH, BBOX, BBOX1 / プラスミド: pFBOH-LIC-Bse / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10Bac / 参照: UniProt: O75936, gamma-butyrobetaine dioxygenase

-
非ポリマー , 6種, 426分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-REE / 2-(2-carboxyethyl)-1,1,1-trimethyldiazanium / ミルドロナ-ト


分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate, 20% PEG 3350, 6% diamine hexan, 10mM ZnSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0311.0084
シンクロトロンDiamond I0220.9795
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年10月24日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年2月4日
放射プロトコル: SIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00841
20.97951
反射解像度: 1.82→84.69 Å / Num. obs: 40755 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 30263 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.82→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.114 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18257 2059 5.1 %RANDOM
Rwork0.14671 ---
all0.14856 38693 --
obs0.14856 38693 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20.56 Å20 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3101 0 58 413 3572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.9514450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9623.0015450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2665403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12324.088159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7615552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5271518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 130 -
Rwork0.236 2617 -
obs--91.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4516-0.0821-0.85710.60780.26061.844-0.0080.1481-0.0309-0.017-0.08620.2262-0.1191-0.25780.09420.03720.02060.01080.0538-0.03520.0979-10.556429.7572123.9404
20.8156-0.2558-0.1091.17240.16880.9614-0.08430-0.04980.00150.01930.1292-0.123-0.07130.06490.03530.0278-0.00590.0489-0.00680.017612.369530.200487.7978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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