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- PDB-3mqk: Cbf5-Nop10-Gar1 complex binding with 17mer RNA containing ACA tri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mqk
タイトルCbf5-Nop10-Gar1 complex binding with 17mer RNA containing ACA trinucleotide
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
  • Small nucleolar rnp gar1-like protein
  • tRNA pseudouridine synthase B
キーワードIsomerase/RNA binding protein/rna / Protein-RNA complex / Box H/ACA / pseudouridine synthase / post-transcriptional modification / Isomerase / tRNA processing / RNA-binding / Isomerase-RNA binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding ...tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding / snoRNA binding / ribosome biogenesis / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain ...Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Pseudouridine synthase / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / Single Sheet / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA pseudouridine synthase B / Small nucleolar rnp gar1-like protein / Ribosome biogenesis protein Nop10
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhou, J. / Liang, B. / Li, H.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: Structural and functional evidence of high specificity of Cbf5 for ACA trinucleotide.
著者: Zhou, J. / Liang, B. / Li, H.
履歴
登録2010年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase B
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
C: Small nucleolar rnp gar1-like protein
D: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
E: RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9295
ポリマ－58,9295
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.696, 105.696, 243.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 37119.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: truB, PF1785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7LWY0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10


分子量: 6205.335 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1R4
#3: タンパク質 Small nucleolar rnp gar1-like protein


分子量: 8672.303 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U029
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4117.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2814.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.14 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 120 mM magnesium acetate tetrahydrate, 50 mM MES PH 5.6, 20% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 20726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 48.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2000 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EY4

2ey4


解像度: 2.8→33.378 Å / SU ML: 2.55 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 1938 9.74 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1903 19905 96.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.496 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5552 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5552 Å2-0 Å2
3---7.1103 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3656 464 0 0 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2285856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0661722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.86930.30041370.21891141X-RAY DIFFRACTION89
2.8693-2.94690.29971380.21481166X-RAY DIFFRACTION91
2.9469-3.03350.28561500.1921188X-RAY DIFFRACTION93
3.0335-3.13140.2711380.20181200X-RAY DIFFRACTION93
3.1314-3.24320.28091250.19521257X-RAY DIFFRACTION96
3.2432-3.37290.25511250.191278X-RAY DIFFRACTION96
3.3729-3.52630.27171280.18361308X-RAY DIFFRACTION98
3.5263-3.7120.23091490.17641258X-RAY DIFFRACTION98
3.712-3.94420.23241390.16531308X-RAY DIFFRACTION98
3.9442-4.24820.18971360.14371326X-RAY DIFFRACTION99
4.2482-4.67460.22761400.14071320X-RAY DIFFRACTION99
4.6746-5.34870.22271450.16571344X-RAY DIFFRACTION99
5.3487-6.72970.26741320.19581386X-RAY DIFFRACTION99
6.7297-33.38080.21141560.1891487X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2349 Å / Origin y: 35.566 Å / Origin z: -8.2205 Å
111213212223313233
T0.1983 Å2-0.0928 Å2-0.0153 Å2-0.2657 Å2-0.1741 Å2--0.2436 Å2
L1.7596 °2-0.9998 °2-0.6276 °2-1.2147 °20.6707 °2--1.2551 °2
S-0.1127 Å °0.0895 Å °-0.2148 Å °-0.032 Å °0.0182 Å °0.0709 Å °0.0377 Å °-0.1137 Å °0.1127 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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