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万見
- PDB-3moj: Structure of the RNA binding domain of the Bacillus subtilis YxiN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3moj
タイトルStructure of the RNA binding domain of the Bacillus subtilis YxiN protein complexed with a fragment of 23S ribosomal RNA
要素
  • ATP-dependent RNA helicase dbpA
  • RNA (69-MER)
キーワードRNA binding protein/RNA / RNA / RNA recognition motif / RNA binding protein / ribosomal RNA / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA strand annealing activity / 3'-5' RNA helicase activity / response to cold / ribosome biogenesis / RNA helicase activity / ribosome / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / ATP-dependent RNA helicase DbpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Hardin, J.W. / Hu, Y. / McKay, D.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the RNA binding domain of a DEAD-box helicase bound to its ribosomal RNA target reveals a novel mode of recognition by an RNA recognition motif.
著者: Hardin, J.W. / Hu, Y.X. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: Rna / 年: 2006
タイトル: The domain of the Bacillus subtilis DEAD-box helicase YxiN that is responsible for specific binding of 23S rRNA has an RNA recognition motif fold.
著者: Wang, S. / Hu, Y. / Overgaard, M.T. / Karginov, F.V. / Uhlenbeck, O.C. / McKay, D.B.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (69-MER)
B: ATP-dependent RNA helicase dbpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1522
ポリマ－32,1522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.010, 91.63, 115.28
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (69-MER)


分子量: 23860.158 Da / 分子数: 1
断片: E. coli 23 S ribosomal RNA (nucleotides 2508-2580 with GAAA tetraloop in nucleotides 2530-2533 and A2581 at 3' end)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase dbpA


分子量: 8291.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: dbpA, deaD, yxiN, BSU39110, SS8E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23(DE3)
参照: UniProt: P42305, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20 mg/ml protein-RNA complex with RNA in 5% molar excess, 5 mM Tris-HCL, 200 mM potassium acetate, 26-30% PEG-3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCL11
2potassium acetate11
3PEG-335011
4Tris-HCL12
5potassium acetate12
6PEG-335012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 11090 / Num. obs: 10490 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.296 / % possible all: 71.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ALSBOSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.902→19.896 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 1039 10.4 %10% random
Rwork0.209 ---
all0.216 11043 --
obs0.2158 9995 90.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.23 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→19.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数570 1473 0 0 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.935904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.902-3.05490.3219920.2656899X-RAY DIFFRACTION64
3.0549-3.24550.31581600.22741185X-RAY DIFFRACTION87
3.2455-3.49490.26461610.21431309X-RAY DIFFRACTION94
3.4949-3.84430.26661540.20121324X-RAY DIFFRACTION96
3.8443-4.39530.2851420.21061368X-RAY DIFFRACTION96
4.3953-5.5180.2671660.19411400X-RAY DIFFRACTION98
5.518-19.89670.26421640.20611471X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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