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- PDB-3moa: Crystal structure of the neutralizing HIV antibody 2F5 Fab fragme... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3moa | ||||||
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Title | Crystal structure of the neutralizing HIV antibody 2F5 Fab fragment (recombinantly produced Fab) with 17 aa gp41 MPER-derived peptide | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV gp41 MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody | ||||||
Function / homology | ![]() Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies Authors: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 198.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 158.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3mnwC ![]() 3mnzC ![]() 3mo1C ![]() 3mobC ![]() 3modC ![]() 1tjiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2131.364 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: Chain P is a chemically synthesized peptide of sequence derived from the membrane proximal external region of gp41 References: UniProt: P04580*PLUS |
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#2: Antibody | Mass: 23305.809 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 25257.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.6 Details: Reservoir; Hampton Research Crystal Screen 40 = 20% isopropanol, 20% PEG 4000, 100 mM Na citrate pH 5.6. Drop: 0.5 uL protein + 0.35 uL reservoir. Reservoir was NOT supplemented with 100 mM ...Details: Reservoir; Hampton Research Crystal Screen 40 = 20% isopropanol, 20% PEG 4000, 100 mM Na citrate pH 5.6. Drop: 0.5 uL protein + 0.35 uL reservoir. Reservoir was NOT supplemented with 100 mM NaCl as in Ofek et al. 2004., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→43.7 Å / Num. all: 30678 / Num. obs: 30678 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TJI Resolution: 2.3→43.683 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.19 / Phase error: 20.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.922 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→43.683 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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