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- PDB-3mnl: The crystal structure of KstR (Rv3574) from Mycobacterium tubercu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnl
タイトルThe crystal structure of KstR (Rv3574) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY TETR-FAMILY)
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / tetR family of transcriptional regulator / all-helical / DNA-binding / hydrophobic ligand-binding / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / HTH-type transcriptional repressor KstR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gao, C. / Bunker, R.D. / ten Bokum, A. / Kendall, S.L. / Stoker, N.G. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Transcriptional Repressor KstR in Complex with CoA Thioester Cholesterol Metabolites Sheds Light on the Regulation of Cholesterol Catabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ho, N.A. / Dawes, S.S. / Crowe, A.M. / Casabon, I. / Gao, C. / Kendall, S.L. / Baker, E.N. / Eltis, L.D. / Lott, J.S.
履歴
登録2010年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY TETR-FAMILY)
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY TETR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9235
ポリマ－44,4732
非ポリマー4513
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.020, 54.570, 165.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY TETR-FAMILY) / KstR


分子量: 22236.330 Da / 分子数: 2 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3574 / プラスミド: pDEST-566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96856
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17.5% PEG 3350, 0.2M ammonium fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953692 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953692 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→165.99 Å / Num. obs: 35558 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5095 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BJB

3bjb


解像度: 1.8→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1813 5.11 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
obs0.192 35467 --
原子変位パラメータBiso max: 95.01 Å2 / Biso mean: 31.05 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9534 Å20 Å20 Å2
2---2.1821 Å20 Å2
3---1.2287 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.242 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 19 117 2894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092823HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.853816HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d978SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes429HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2823HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3440SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 144 5.04 %
Rwork0.204 2711 -
all0.206 2855 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9990.48272.0561.50130.68265.3752-0.041-0.16290.291-0.03680.1324-0.0998-0.47270.2255-0.0913-0.0636-0.06430.0513-0.0101-0.11380.008816.894313.550235.481
22.54151.0950.45055.20861.15185.59870.0533-0.3170.30870.00350.0584-0.2697-0.19330.5283-0.1116-0.172-0.01990.00420.0081-0.1068-0.052616.95048.174234.347
30.71092.91040.32073.5884-1.704100.0520.04070.09010.27180.30290.2425-0.0903-0.2454-0.355-0.03030.02660.09560.09240.06070.0243-3.2729-7.961237.1116
46.4588-1.29171.50092.756-0.16923.7497-0.0220.21750.0761-0.15770.01660.0787-0.24390.09990.0054-0.0623-0.04430.0105-0.0459-0.02-0.05158.42736.422925.2606
51.28640.2116-1.98012.2729-1.61261.85870.10550.0288-0.1994-0.07820.0843-0.53270.19830.3161-0.1898-0.0658-0.0108-0.01990.0545-0.0360.0816.1983-3.611529.7215
63.2157-2.84961.72195.1873-2.68023.49620.0465-0.1626-0.09730.0740.0130.12250.0328-0.1148-0.0594-0.0869-0.0344-0.00880.0011-0.0336-0.03952.4861-7.938227.3225
72.20710.93350.35970.03861.2392.0978-0.0002-0.20920.05580.0114-0.05880.27070.2038-0.24550.059-0.0279-0.1195-0.01230.1004-0.00070.0012-5.2894-15.43626.2054
80.18120.99270.59940-0.38160.05330.00280.01050.0019-0.0369-0.01480.13770.0015-0.00740.0120.16060.04390.0001-0.04020.024-0.10321.38813.7815-12.0686
91.2751-0.2177-0.86082.958-0.68712.26410.18370.25520.175-0.2614-0.087-0.0879-0.5442-0.2256-0.09670.16840.080.0878-0.10790.0242-0.14478.44855.9717-1.7375
1000.3819-0.57160.29630.48820.7670.0184-0.023-0.068400.0011-0.01270.0142-0.0463-0.01950.12790.06660.07130.0509-0.10150.02665.5781-25.2815-0.1442
117.92342.1644-2.91040.007-0.4282.02190.05840.2509-0.31130.13890.16880.05010.11590.1465-0.22720.02580.0709-0.0666-0.0614-0.0412-0.06019.3022-19.86728.1316
125.4062-2.282-0.48316.07091.45496.16510.0028-0.47220.1065-0.3680.14510.161-0.5155-0.1908-0.14790.06460.00570.0099-0.14360.0139-0.15988.54560.91318.5033
132.40311.12691.88382.19591.46942.2398-0.0960.1984-0.0004-0.17670.01380.0095-0.0337-0.04390.08220.0251-0.0057-0.0140.0177-0.0278-0.05252.4529-12.47311.2987
142.56080.638-2.04654.0718-1.57693.9060.1128-0.159-0.1591-0.1724-0.1048-0.19610.5050.3169-0.00810.04340.0652-0.0585-0.0548-0.0269-0.024112.7852-16.735318.504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|44 }A9 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|45 - A|78 }A45 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|79 - A|105 }A79 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|106 - A|122 }A106 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|123 - A|136 }A123 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|137 - A|183 }A137 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|184 - A|197 }A184 - 197
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|11 - B|18 }B11 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|19 - B|77 }B19 - 77
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|78 - B|86 }B78 - 86
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|87 - B|104 }B87 - 104
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|105 - B|130 }B105 - 130
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|131 - B|173 }B131 - 173
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|174 - B|194 }B174 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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