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- PDB-3mmu: Crystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmu
タイトルCrystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophilic Thermotoga maritima
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / TIM-barrel fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Chen, Z. / McAndrew, R.P. / Sapra, R. / Chhabra, S.R. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Biochemical characterization and crystal structure of endoglucanase Cel5A from the hyperthermophilic Thermotoga maritima.
著者: Pereira, J.H. / Chen, Z. / McAndrew, R.P. / Sapra, R. / Chhabra, S.R. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
E: Endoglucanase
F: Endoglucanase
G: Endoglucanase
H: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,86964
ポリマ－299,5088
非ポリマー4,36156
水21,6001199
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12810
ポリマ－37,4391
非ポリマー6899
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9578
ポリマ－37,4391
非ポリマー5187
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12810
ポリマ－37,4391
非ポリマー6899
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8396
ポリマ－37,4391
非ポリマー4015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0118
ポリマ－37,4391
非ポリマー5727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8987
ポリマ－37,4391
非ポリマー4606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0118
ポリマ－37,4391
非ポリマー5727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8987
ポリマ－37,4391
非ポリマー4606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,08518
ポリマ－74,8772
非ポリマー1,20816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
10
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,96716
ポリマ－74,8772
非ポリマー1,09014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
11
E: Endoglucanase
F: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,90915
ポリマ－74,8772
非ポリマー1,03213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
12
G: Endoglucanase
H: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,90915
ポリマ－74,8772
非ポリマー1,03213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.584, 95.791, 103.497
Angle α, β, γ (deg.)64.08, 75.07, 68.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Endoglucanase / Endoglucanase Cel5A


分子量: 37438.523 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1751 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X273
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.02 M Nickel(II) chloride, 0.02 M Magnesium chloride, 0.02 M Cadmium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 16 % of Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.02 M Nickel(II) chloride, 0.02 M Magnesium chloride, 0.02 M Cadmium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 16 % of Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 133326 / Num. obs: 125889 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 74.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CEN

1cen


解像度: 2.201→46.987 Å / SU ML: 2.19 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 6299 5 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2058 125889 88.73 %-
all-133326 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.68 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.408 Å28.572 Å23.769 Å2
2---1.356 Å2-0.482 Å2
3----1.598 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→46.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20816 0 56 1199 22071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01321464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25829040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3827800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2011-2.22610.31310.27322440X-RAY DIFFRACTION55
2.2261-2.25230.28641760.28583069X-RAY DIFFRACTION67
2.2523-2.27980.28411420.26912968X-RAY DIFFRACTION67
2.2798-2.30870.2941650.25913236X-RAY DIFFRACTION71
2.3087-2.3390.28511730.2553258X-RAY DIFFRACTION73
2.339-2.37110.28111900.25873483X-RAY DIFFRACTION77
2.3711-2.4050.27541810.25933682X-RAY DIFFRACTION81
2.405-2.44090.26792090.24923708X-RAY DIFFRACTION84
2.4409-2.4790.26011890.2383955X-RAY DIFFRACTION87
2.479-2.51960.24421820.2384012X-RAY DIFFRACTION88
2.5196-2.56310.26892270.23853978X-RAY DIFFRACTION89
2.5631-2.60970.23461980.23544061X-RAY DIFFRACTION91
2.6097-2.65990.2612380.22464178X-RAY DIFFRACTION92
2.6599-2.71420.24942540.22594103X-RAY DIFFRACTION93
2.7142-2.77320.25871930.23984113X-RAY DIFFRACTION93
2.7732-2.83770.26492300.23214211X-RAY DIFFRACTION94
2.8377-2.90860.22542140.22554285X-RAY DIFFRACTION94
2.9086-2.98720.24732460.22064236X-RAY DIFFRACTION95
2.9872-3.07510.22662310.22644254X-RAY DIFFRACTION95
3.0751-3.17440.23282480.21484288X-RAY DIFFRACTION96
3.1744-3.28780.21952060.21094367X-RAY DIFFRACTION96
3.2878-3.41940.22652410.21254337X-RAY DIFFRACTION97
3.4194-3.5750.22172260.2054401X-RAY DIFFRACTION97
3.575-3.76340.20272550.19444343X-RAY DIFFRACTION98
3.7634-3.9990.18762000.18494465X-RAY DIFFRACTION98
3.999-4.30760.16992130.16954415X-RAY DIFFRACTION98
4.3076-4.74070.16072140.15994425X-RAY DIFFRACTION98
4.7407-5.42590.16462170.16344449X-RAY DIFFRACTION99
5.4259-6.83270.20932570.18734440X-RAY DIFFRACTION99
6.8327-46.99720.19022530.18394430X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82430.0455-0.17211.0389-0.0161.5950.04150.27050.1251-0.1431-0.1037-0.09650.02790.05540.07450.15520.02340.00370.30410.02530.205444.711823.594329.6908
21.215-0.4067-0.50561.60650.23671.3181-0.07410.1526-0.36050.2543-0.05680.33860.2064-0.06340.12960.2077-0.02350.00890.1653-0.07170.363135.0927-3.621447.6105
31.8647-0.34620.11841.4398-0.20891.5852-0.0342-0.4976-0.06110.33240.0937-0.05920.36460.1595-0.05020.47960.0138-0.07330.37910.00480.208549.897721.89390.5254
41.2988-0.28780.56110.6007-0.36431.8874-0.1802-0.0770.45150.30280.02040.0379-0.52910.09330.16210.3862-0.1196-0.07840.1727-0.06780.383749.450150.949872.6735
51.1109-0.5146-0.6741.5750.78361.2838-0.2479-0.36140.12430.29520.2844-0.09890.18280.29-0.05120.3530.0969-0.0140.3865-0.03730.21168.078836.285493.4942
60.9645-0.5411-0.45391.45210.43091.6142-0.3734-0.1536-0.33750.45530.19660.19610.58890.0250.17850.49820.02550.16670.19010.07560.29875.05975.339280.0302
71.4981-0.06470.09761.2109-0.09591.14390.05560.3748-0.1594-0.136-0.03730.03040.0312-0.1885-0.01990.17020.0017-0.01850.3731-0.01790.22771.651626.840233.2944
81.0405-0.42430.48941.4403-0.11031.27480.07070.16320.28560.0347-0.1055-0.2641-0.2412-0.03460.02310.24050.03370.0540.19780.08690.317413.706956.032245.9909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE3 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF3 - 311
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG3 - 311
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH3 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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