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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mms | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Streptococcus pneumoniae MTA/SAH nucleosidase in complex with 8-aminoadenine | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / mixed alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine-nucleoside phosphorylase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Siu, K.K.W. / Lee, J.E. / Horvatin-Mrakovcic, C. / Howell, P.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae MTA/SAH nucleosidase in complex with 8-aminoadenine 著者: Siu, K.K.W. / Lee, J.E. / Horvatin-Mrakovcic, C. / Howell, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mms.cif.gz | 61.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mms.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mms | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24651.988 Da / 分子数: 1 / 変異: T23A, A39V, D64V, T184A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC 6303 / 遺伝子: mtnN, pfs, SPP_0997, spr0894 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q8DQ16, UniProt: A0A0H2UPP7*PLUS, メチルチオアデノシンヌクレオシダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.26 M sodium citrate, 90 mM sodium HEPES, pH 7.5, 10 % (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32.58 Å / Num. obs: 34861 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.28 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 13.6 / Scaling rejects: 12528 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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Phasing MR | Method translation: &STRIP%trans_method |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 46.078 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.21 Å2 / Biso mean: 16.497 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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