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- PDB-3m1m: Crystal structure of the primase-polymerase from Sulfolobus islandicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1m
タイトルCrystal structure of the primase-polymerase from Sulfolobus islandicus
要素ORF904
キーワードREPLICATION / primase / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Prim-pol fold / Bifunctional DNA primase/polymerase domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid ...Prim-pol fold / Bifunctional DNA primase/polymerase domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / : / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SF3 helicase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Vannini, A. / Beck, K. / Lipps, G. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: The archaeo-eukaryotic primase of plasmid pRN1 requires a helix bundle domain for faithful primer synthesis
著者: Beck, K. / Vannini, A. / Cramer, P. / Lipps, G.
履歴
登録2010年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF904
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2214
ポリマ－38,9681
非ポリマー2543
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.718, 46.557, 77.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ORF904 / DNA primase polymerase


分子量: 38967.770 Da / 分子数: 1 / 断片: primase-polymerase domain, residues 36-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (古細菌) / プラスミド: Pet21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q54324
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30-35% PEG 4000, 200mM lithium sulphate, 2mM Tris-2-carboxyethyl-phosphine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 30362 / Num. measured all: 537575

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.4.0067 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RO2

1ro2


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.217 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25074 1541 5.1 %RANDOM
Rwork0.20408 ---
obs0.20644 28819 94.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.6 Å2 / Biso mean: 27.222 Å2 / Biso min: 10.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20.16 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2616 0 12 123 2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.983620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3545318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.0424.872117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.8315528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9571511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84622591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04731090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9494.51029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 99 -
Rwork0.284 1637 -
obs--74.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.417-0.27190.05190.53030.16480.36890.0310.02840.0209-0.0337-0.0602-0.0069-0.0062-0.04430.0292-0.025-0.00630.0044-0.01750.005-0.011220.277-22.921-6.466
21.539-0.5829-0.02011.749-0.5340.90550.09960.0305-0.0363-0.05910.036-0.1711-0.0488-0.1993-0.1355-0.0490.00040.00390.0471-0.0373-0.0703-0.752-24.142-27.248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 249
2X-RAY DIFFRACTION2A261 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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