PDB-3mml: Allophanate Hydrolase Complex from Mycobacterium smegmatis, Msmeg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mml

タイトル

Allophanate Hydrolase Complex from Mycobacterium smegmatis, Msmeg0435-Msmeg0436

要素

Allophanate hydrolase subunit 1
Allophanate hydrolase subunit 2

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Tuberculosis Structural Genomics Consortium / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kaufmann, M. / Chernishof, I. / Shin, A. / Germano, D. / Sawaya, M.R. / Waldo, G.S. / Arbing, M.A. / Perry, J. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Allphanate Hydrolase Complex from M. smegmatis, Msmeg0435-Msmeg0436
著者: Kaufmann, M. / Chernishof, I. / Shin, A. / Germano, D. / Sawaya, M.R. / Waldo, G.S. / Arbing, M.A. / Perry, J. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2010年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mml.cif.gz	774.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mml.ent.gz	660.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3mml_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mml_full_validation.pdf.gz	521.7 KB	表示
XML形式データ	3mml_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	3mml_validation.cif.gz	108.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mml	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3edf-d 7bv5-d 5zxd-d 3edd-1 2d2q-d 5iky-d 6niy-d 2jkp-d 1h3a-3 4nry-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ISFI495 TargetDB: ISFI496

類似構造データ

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その他のデータベース

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Allophanate hydrolase subunit 2

B: Allophanate hydrolase subunit 1

C: Allophanate hydrolase subunit 2

D: Allophanate hydrolase subunit 1

E: Allophanate hydrolase subunit 2

F: Allophanate hydrolase subunit 1

G: Allophanate hydrolase subunit 2

H: Allophanate hydrolase subunit 1

ヘテロ分子

236 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Allophanate hydrolase subunit 2

B: Allophanate hydrolase subunit 1

C: Allophanate hydrolase subunit 2

D: Allophanate hydrolase subunit 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Allophanate hydrolase subunit 2

F: Allophanate hydrolase subunit 1

G: Allophanate hydrolase subunit 2

H: Allophanate hydrolase subunit 1

登録者が定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Allophanate hydrolase subunit 2

B: Allophanate hydrolase subunit 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Allophanate hydrolase subunit 2

D: Allophanate hydrolase subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Allophanate hydrolase subunit 2

F: Allophanate hydrolase subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 2 ポリマー
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6

G: Allophanate hydrolase subunit 2

H: Allophanate hydrolase subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.483, 84.239, 402.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is a heterotetramer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C & D, and chains E,F,G, & H).

#1: タンパク質	Allophanate hydrolase subunit 2 分子量: 34100.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: Mc2 155 / 遺伝子: Msmeg0435, MSMEG_0435 / プラスミド: modified pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QPL0, allophanate hydrolase
#2: タンパク質	Allophanate hydrolase subunit 1 分子量: 24903.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: Mc2 155 / 遺伝子: Msmeg0436, MSMEG_0436 / プラスミド: modified pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QPL1
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 0.085 M tri-sodium citrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921, 0.97935, 0.97549

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97921	1
2	0.97935	1
3	0.97549	1

Reflection

冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 12.65 / 数: 604054 / R_merge(I) obs: 0.094 / Χ²: 1.1 / D res high: 2.6 Å / D res low: 500 Å / Num. obs: 155663 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.6	500	99.8	1	0.036	1.044	3.9
4.45	5.6	100	1	0.054	1.142	3.8
3.88	4.45	100	1	0.077	1.034	3.9
3.53	3.88	100	1	0.088	1.078	3.9
3.28	3.53	100	1	0.1	1.057	3.9
3.08	3.28	100	1	0.131	1.075	3.9
2.93	3.08	100	1	0.185	1.027	3.9
2.8	2.93	100	1	0.262	1.088	3.9
2.69	2.8	100	1	0.363	1.166	3.9
2.6	2.69	100	1	0.469	1.292	3.9

反射

解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 163304 / Num. obs: 163304 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 49.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.076 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 14648 / Χ²: 1.049 / % possible all: 83.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.6 Å / D res low: 19.98 Å / FOM : 0.191 / FOM acentric: 0.2 / FOM centric: 0.114 / 反射: 81487 / Reflection acentric: 73444 / Reflection centric: 8043

Phasing MAD set

最低解像度: 20 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	0.99	0.96	2.8	23.7	33.4	0.2	0.18	58866	6930
2	1.85	1	2.6	0.1	0.1	0	0	73444	8043

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.89-19.98	0.89	0.84	25.6	30.8	0.8	0.62	739	322
1	7.48-10.89	0.88	0.81	21.1	26.5	0.84	0.59	1957	523
1	5.7-7.48	0.92	0.92	18.3	24.6	0.69	0.44	3787	711
1	4.6-5.7	0.97	0.95	20.3	29.6	0.42	0.28	6245	911
1	3.86-4.6	0.99	0.99	22	32	0.24	0.15	9236	1102
1	3.32-3.86	1	1	23.4	36.2	0.13	0.08	12912	1310
1	2.92-3.32	1	1	25.5	38.2	0.06	0.04	17091	1483
1	2.6-2.92	1	1	28.1	41.6	0.04	0.02	6899	568
2	10.89-19.98	1.47	1	0.3	0.2	0	0	739	322
2	7.48-10.89	1.73	1	0.3	0.2	0	0	1957	523
2	5.7-7.48	2.25	1	0.3	0.1	0	0	3787	711
2	4.6-5.7	1.53	1	0.2	0.1	0	0	6245	912
2	3.86-4.6	1.28	1	0.1	0.1	0	0	9241	1105
2	3.32-3.86	1.46	1	0.1	0	0	0	12920	1314
2	2.92-3.32	3.19	1	0	0	0	0	17136	1487
2	2.6-2.92	6.9	1	0	0	0	0	21419	1669

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	117.77	0.542	-0.376	0.472	2.989	0.073
2	118.02	0.703	-0.576	0.52	2.963	0.049
3	93.557	0.552	-0.23	0.484	2.776	0.088
4	105.294	0.269	0.388	0.654	2.678	0.096
5	111.165	0.386	0.619	0.892	2.462	0.099
6	115.039	0.299	0.277	0.853	2.446	0.091
7	97.523	1.07	-0.251	0.54	2.58	0.108
8	225.769	0.653	-0.6	0.57	3.224	0.042
9	182.462	0.81	-0.226	0.764	3.018	0.017
10	99.691	0.605	-0.405	0.51	2.225	0.089
11	155.694	0.392	0.33	0.768	2.766	0.053
12	90.228	0.411	0.185	0.629	2.401	0.113
13	118.905	0.118	0.398	0.671	2.492	0.079
14	113.064	0.751	0.02	0.603	2.163	0.075
15	87.087	0.151	0.369	0.643	2.286	0.093
16	112.022	0.35	0.015	0.863	2.296	0.087
17	125.688	0.62	-0.103	0.663	2.491	0.072
18	108.639	0.261	-0.456	0.509	2.408	0.114
19	127.293	0.329	0.092	0.743	1.951	0.055
20	30	0.269	-0.596	0.654	0	0
21	104.526	0.718	0.057	0.626	2.23	0.095
22	109.683	0.202	0.286	0.42	2.128	0.09
23	112.91	0.412	0.316	0.86	2.157	0.092
24	122.366	0.742	-0.153	0.8	2.246	0.074
25	176.867	0.894	-0.513	0.548	2.126	0.064
26	96.021	0.69	-0.198	0.694	1.995	0.082
27	115.418	0.424	0.126	0.75	1.851	0.053
28	118.237	0.366	0.994	0.437	1.958	0.063
29	112.728	1.043	0.016	0.613	1.869	0.079
30	47.016	0.543	-0.376	0.472	3.094	0
31	45.682	0.703	-0.576	0.52	2.513	0
32	50.309	0.552	-0.229	0.484	2.857	0
33	65.309	0.268	0.382	0.654	2.772	0
34	50.044	0.387	0.619	0.892	2.75	0
35	55.932	0.299	0.276	0.853	2.829	0
36	50.319	1.069	-0.25	0.539	2.39	0
37	56.219	0.653	-0.598	0.571	2.22	0
38	59.722	0.809	-0.228	0.764	2.371	0
39	59.991	0.605	-0.405	0.51	2.476	0
40	61.852	0.393	0.329	0.767	2.207	0
41	54.837	0.412	0.185	0.629	2.704	0
42	56.925	0.12	0.397	0.672	2.27	0
43	67.489	0.751	0.019	0.603	2.618	0
44	55.136	0.152	0.37	0.643	2.413	0
45	63.555	0.351	0.017	0.864	2.339	0
46	59.388	0.621	-0.103	0.663	2.283	0
47	60.71	0.261	-0.456	0.509	2.465	0
48	63.929	0.328	0.091	0.743	2.166	0
49	53.911	0.271	-0.599	0.654	1.47	0
50	68.837	0.718	0.057	0.626	2.256	0
51	63.88	0.202	0.286	0.42	2.325	0
52	63.979	0.412	0.317	0.86	2.188	0
53	77.825	0.74	-0.152	0.8	2.132	0
54	63.159	0.895	-0.511	0.547	2.082	0
55	77.96	0.691	-0.198	0.694	2.113	0
56	70.939	0.427	0.125	0.75	2.031	0
57	66.368	0.368	0.995	0.437	2.02	0
58	76.7	1.043	0.019	0.614	1.986	0

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.89-19.98	0.585	0.677	0.373	1061	739	322
7.48-10.89	0.61	0.669	0.387	2480	1957	523
5.7-7.48	0.543	0.592	0.284	4498	3787	711
4.6-5.7	0.411	0.441	0.202	7157	6245	912
3.86-4.6	0.263	0.282	0.1	10346	9241	1105
3.32-3.86	0.171	0.183	0.049	14234	12920	1314
2.92-3.32	0.098	0.105	0.02	18623	17136	1487
2.6-2.92	0.047	0.05	0.003	23088	21419	1669

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 81487

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
13.16-100	55.6	0.807	525
9.62-13.16	49.8	0.878	1067
7.94-9.62	50.7	0.888	1350
6.92-7.94	50.4	0.879	1547
6.21-6.92	50.7	0.872	1730
5.68-6.21	54.6	0.854	1877
5.27-5.68	56.4	0.864	2043
4.94-5.27	58.7	0.862	2167
4.66-4.94	58.6	0.877	2317
4.42-4.66	62.3	0.867	2421
4.22-4.42	63.9	0.859	2529
4.04-4.22	66.5	0.845	2670
3.89-4.04	69.4	0.827	2775
3.75-3.89	69.1	0.813	2875
3.62-3.75	71.3	0.706	2970
3.51-3.62	73	0.781	3017
3.4-3.51	74	0.777	3169
3.31-3.4	74.5	0.767	3249
3.22-3.31	78.1	0.76	3290
3.14-3.22	77.7	0.768	3416
3.06-3.14	77.5	0.766	3508
2.99-3.06	78.7	0.746	3520
2.93-2.99	80.8	0.749	3645
2.87-2.93	80.8	0.741	3699
2.81-2.87	82.5	0.741	3798
2.76-2.81	84.5	0.733	3873
2.7-2.76	86.4	0.74	3922
2.66-2.7	86.5	0.711	3961
2.6-2.66	86.5	0.645	4557

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	4507	5.01 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.17	90043	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.14 Å² / B_iso mean: 50.543 Å² / B_iso min: 8.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.955 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.881 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.075 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.302 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15033	0	1	885	15919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	5030	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	331	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2321	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	15405	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1983	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	17538	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	15405	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	21093	HARMONIC	2	1.15
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.29
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.3

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	290	4.96 %
R_work	0.205	5557	-
all	0.208	5847	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5406	0.4431	0.0092	0.9322	0.2607	0.5781	-0.0086	0.082	-0.1101	-0.0747	0.0113	-0.032	-0.0366	-0.0088	-0.0027	-0.1025	0.001	-0.0052	-0.0466	0.0131	-0.0194	31.09	49.3959	1.5827
2	1.9057	-2.6187	0.7187	2.9491	-0.8797	0.8198	0.2591	0.1715	-0.6326	-0.294	-0.1148	0.6719	0.0626	0.0349	-0.1443	-0.2245	-0.0193	-0.0725	-0.1679	-0.0812	0.18	23.0712	23.3763	-9.384
3	1.5843	0.7064	-0.4957	1.4251	-0.0451	1.5007	0.0702	-0.2353	-0.0734	0.262	-0.0593	0.0129	0.1103	-0.0748	-0.0109	-0.0912	-0.0447	-0.0382	-0.0465	0.0506	-0.1383	34.6343	56.7481	31.1465
4	3.8719	-0.592	-1.3996	3.9597	-0.7669	3.5799	0.4887	-0.3442	0.9527	0.5779	0.111	0.5054	-0.3937	-0.7139	-0.5998	-0.3468	0.0069	0.293	-0.1324	-0.0751	-0.0362	15.4449	72.1476	47.4296
5	0.8424	0.2868	0.1738	1.7944	0.1473	1.0762	-0.0149	-0.112	0.028	0.1338	-0.0277	-0.0042	0.0075	-0.0789	0.0426	-0.0714	0.0044	-0.0467	-0.0067	-0.006	-0.1439	9.2134	11.2456	110.229
6	2.847	-1.0078	2.2602	0.8927	-0.9699	1.8411	-0.1345	-0.4943	0.0944	0.1229	0.1066	-0.051	-0.0456	-0.2104	0.0279	-0.0225	0.0393	-0.0489	0.0833	-0.0633	-0.2557	15.6244	20.8962	136.997
7	1.1314	0.6835	0.0113	2.0719	-0.0228	1.5151	0.005	0.0723	-0.0579	-0.1029	-0.0637	-0.3619	-0.0005	0.334	0.0587	-0.1629	0.0317	0.0169	-0.011	0.0217	-0.104	28.9902	5.4638	87.404
8	0.8641	-0.8245	1.3604	3.9542	-2.7295	4.6518	0.0739	0.4767	0.1586	-0.3694	-0.2849	-0.3389	0.1898	0.7813	0.2109	-0.1192	-0.0415	0.1876	-0.0033	0.1722	-0.3161	34.0379	22.8307	64.1201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	2 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	2 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	1 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	2 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	1 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	2 - 289
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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