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- PDB-3mlz: Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with a VI1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlz
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with a VI191 V3 peptide
要素
  • HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody / Fab / HIV-1 / gp120 / third variable loop / antibody-antigen interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Kong, X.-P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Conserved structural elements in the V3 crown of HIV-1 gp120.
著者: Jiang, X. / Burke, V. / Totrov, M. / Williams, C. / Cardozo, T. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2010年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain
P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7663
ポリマ－49,7663
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.413, 100.413, 177.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab light chain


分子量: 22662.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 3074 Fab heavy chain


分子量: 24468.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量: 2635.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: C0SMB0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.49 M NH4 sulfate, 0.1 M NaCl, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月17日
詳細: a KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Two spherical mirrors, one will be rhodium coated. User choice of either mirror depending on the desired energy
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 11328 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.99-3.110.49410971.401100
3.11-3.230.37810981.416100
3.23-3.380.30910921.474100
3.38-3.560.24411091.47100
3.56-3.780.19911081.483100
3.78-4.070.1711091.396100
4.07-4.480.13811291.265100
4.48-5.130.12311381.214100
5.13-6.460.11411671.114100
6.46-500.06712810.779100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→48.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.797 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 24.304 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 538 4.8 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.198 11277 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.1 Å2 / Biso mean: 46.504 Å2 / Biso min: 3.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 0 0 188 3663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9574865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0085463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58424.063128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.49415546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7491513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.52315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25923746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39231252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5254.51119
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.069 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.506 41 -
Rwork0.251 741 -
all-782 -
obs--97.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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