L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化
温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 19% PEG 3350, 0.19 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日 詳細: a KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Two spherical mirrors, one will be rhodium coated. User choice of either mirror depending on the desired energy
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 10115 / % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)
Rmerge(I) obs
% possible all
2.77-2.9
0.348
98.3
2.9-3.02
0.279
98.1
3.02-3.15
0.226
98.5
3.15-3.32
0.165
98.5
3.32-3.53
0.133
98.5
3.53-3.8
0.116
99
3.8-4.18
0.094
98.9
4.18-4.79
0.081
99
4.79-6.03
0.08
99.4
6.03-50
0.07
99.8
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
PHENIX
1.6.1_357
精密化
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
5.2.0019
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
ADSC
Quantum
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
MOLREP
位相決定
DENZO
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→35.167 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.78 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.31
483
4.78 %
Rwork
0.1961
-
-
obs
0.2017
10104
97.12 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.436 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3