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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mlq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Tudor / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA-templated transcription ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (バクテリア) Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å | ||||||
データ登録者 | Darst, S.A. / Westblade, L.F. / Campbell, E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the bacterial transcription-repair coupling factor/RNA polymerase interaction. 著者: Westblade, L.F. / Campbell, E.A. / Pukhrambam, C. / Padovan, J.C. / Nickels, B.E. / Lamour, V. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mlq.cif.gz | 296.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mlq.ent.gz | 236.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mlq_validation.pdf.gz | 514.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mlq_full_validation.pdf.gz | 551.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mlq_validation.xml.gz | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mlq_validation.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mlq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 5
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21081.096 Da / 分子数: 4 / 断片: beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: rpoB / プラスミド: pET21a-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | 分子量: 8002.165 Da / 分子数: 4 断片: RNA polymerase interacting domain (UNP residues 321-387) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: mfd, TT_C0533 / プラスミド: pET21a-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72KB4 #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 27972 / Num. obs: 25538 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Thermus aquaticus RNA polymerase beta-subunit beta1 domain 解像度: 2.91→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 29.72 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.019 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.56 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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