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- PDB-3mlp: Early B-cell Factor 1 (Ebf1) bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlp
タイトルEarly B-cell Factor 1 (Ebf1) bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
  • Transcription factor COE1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / pseudo-Ig-fold / TIG-domain / IPT-domain / helix-loop-helix / DNA / zinc-finger / zinc-knuckle / TRANSCRIPTION-DNA complex / ebf / ebf-1
機能・相同性
機能・相同性情報


C2H2 zinc finger domain binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...C2H2 zinc finger domain binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain ...Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor COE1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Treiber, N. / Treiber, T. / Zocher, G. / Grosschedl, R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structure of an Ebf1:DNA complex reveals unusual DNA recognition and structural homology with Rel proteins
著者: Treiber, N. / Treiber, T. / Zocher, G. / Grosschedl, R.
履歴
登録2010年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Refinement description
改定 1.32015年12月23日Group: Structure summary
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor COE1
B: Transcription factor COE1
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
E: Transcription factor COE1
F: Transcription factor COE1
G: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,22317
ポリマ－209,0018
非ポリマー1,2229
水2,702150
1
A: Transcription factor COE1
B: Transcription factor COE1
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2089
ポリマ－104,5014
非ポリマー7075
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area39590 Å2
手法PISA
2
E: Transcription factor COE1
F: Transcription factor COE1
G: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0168
ポリマ－104,5014
非ポリマー5154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9320 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.490, 78.690, 103.570
Angle α, β, γ (deg.)88.99, 90.00, 77.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor COE1 / Ebf1 / O/E-1 / OE-1 / Early B-cell factor


分子量: 45499.914 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA binding domain / 変異: aa 252-258 deleted, H259A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ebf1 / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q07802
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6750.392 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 10% PEG4000, 10% isopropanol, 100mM sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 53552 / Num. obs: 52163 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MLN

3mln


解像度: 2.8→38.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 37.677 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.695 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26411 2592 5 %RANDOM
Rwork0.20355 ---
obs0.20661 49243 100 %-
all-52163 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.02 Å2-1.21 Å2-0.63 Å2
2---0.05 Å20.95 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9950 1792 69 150 11961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4112.14116926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.858319028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17651261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35223.685483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.449151711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2931578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.87646322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.24142555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.464410223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63665908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.32666703
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 190 -
Rwork0.311 3616 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2483-0.30760.1172.6378-0.70294.0862-0.1231-0.1322-0.12670.1434-0.0205-0.35330.36420.33150.14360.3615-0.0006-0.0090.1916-0.01950.2862.034-28.0285-4.0421
22.5637-0.29240.63722.93160.62384.14750.01920.0648-0.2122-0.3801-0.0238-0.33490.36710.24690.00460.54070.01660.10970.33260.01560.25282.5803-32.398-47.4588
31.7408-0.167-0.13181.7040.00291.9097-0.21190.12610.3244-0.08260.1375-0.2728-0.02810.10190.07440.2658-0.02520.01570.3062-0.01360.26432.3096-16.9663-27.0729
42.76720.4707-1.31291.8063-1.04754.6035-0.09480.0630.0773-0.17390.0817-0.0579-0.3603-0.0140.01320.3302-0.0011-0.04540.1639-0.01990.27972.429316.3033-31.1244
52.50870.7079-0.4292.31970.09193.65390.1543-0.08190.11030.2814-0.0629-0.0964-0.39490.0524-0.09140.3454-0.028-0.00460.17820.05560.2522.840820.784312.1986
62.5184-0.1253-0.58231.481-0.05091.9999-0.12950.2059-0.4699-0.01850.1307-0.17480.05150.0646-0.00120.23960.0396-0.0560.19640.00810.26952.57195.4289-7.971
75.03941.05850.54826.165-1.47218.22030.0432-0.12140.2188-0.31950.10190.85020.0199-1.4819-0.14510.5486-0.06770.00990.6704-0.00030.4667-22.25087.6983-46.2696
86.66480.92021.71663.0981.056912.63270.16240.1452-0.01380.0510.0645-0.24610.14520.5199-0.22690.4474-0.05940.01960.23930.03360.2569-7.00655.4326-64.9834
94.7050.7624-1.92835.6831-1.72649.11480.1380.0595-0.1580.80220.0170.9942-0.3463-1.3925-0.15490.70350.03490.02670.6001-0.04450.488-22.8447-19.869510.7655
105.3588-1.7326-2.96785.17871.819711.34890.2865-0.6320.2653-0.01650.0917-0.3582-0.01820.9229-0.37810.7404-0.0115-0.11380.3231-0.01470.3324-7.4415-16.849429.9863
112.0425-3.37862.10146.1537-3.66022.2851-0.3174-0.6751-0.34721.08530.54090.2164-0.759-0.6522-0.22361.25110.2086-0.16491.56750.17661.1769-31.949822.2082-77.6078
120.46261.8928-0.23528.6667-0.43970.4301-0.06620.3480.364-0.33830.52091.0514-0.2305-0.6914-0.45471.27080.3150.05651.38550.17751.39-25.980120.5511-74.8061
130.0980.1506-0.00680.29150.11830.49030.04120.04030.01440.0459-0.0108-0.0604-0.0249-0.0304-0.03040.28050.0971-0.02360.39250.01750.3624-1.24-2.212-18.829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION2B36 - 242
4X-RAY DIFFRACTION2B501
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION3D1 - 22
7X-RAY DIFFRACTION4E36 - 242
8X-RAY DIFFRACTION4E501
9X-RAY DIFFRACTION5F36 - 241
10X-RAY DIFFRACTION5F501
11X-RAY DIFFRACTION6G1 - 22
12X-RAY DIFFRACTION6H1 - 22
13X-RAY DIFFRACTION7A243 - 338
14X-RAY DIFFRACTION8B252 - 338
15X-RAY DIFFRACTION9E243 - 338
16X-RAY DIFFRACTION10F250 - 341
17X-RAY DIFFRACTION11A342 - 355
18X-RAY DIFFRACTION11A367 - 386
19X-RAY DIFFRACTION12B339 - 357
20X-RAY DIFFRACTION12B365 - 383
21X-RAY DIFFRACTION13A2 - 15
22X-RAY DIFFRACTION13A426 - 456
23X-RAY DIFFRACTION13B1 - 22
24X-RAY DIFFRACTION13B426 - 443
25X-RAY DIFFRACTION13C23 - 88
26X-RAY DIFFRACTION13D23 - 152
27X-RAY DIFFRACTION13E14 - 23
28X-RAY DIFFRACTION13E426 - 455
29X-RAY DIFFRACTION13F10 - 17
30X-RAY DIFFRACTION13F426 - 457
31X-RAY DIFFRACTION13G23 - 153
32X-RAY DIFFRACTION13H23 - 145

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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