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万見
- PDB-3mln: DNA binding domain of Early B-cell Factor 1 (Ebf1) bound to DNA (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mln
タイトルDNA binding domain of Early B-cell Factor 1 (Ebf1) bound to DNA (crystal form II)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
  • Transcription factor COE1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / pseudo-Ig-fold / Zn-finger / Zn-knuckle / DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex / ebf / ebf-1
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain ...Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor COE1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Treiber, N. / Treiber, T. / Zocher, G. / Grosschedl, R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structure of an Ebf1:DNA complex reveals unusual DNA recognition and structural homology with Rel proteins
著者: Treiber, N. / Treiber, T. / Zocher, G. / Grosschedl, R.
履歴
登録2010年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年12月23日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor COE1
B: Transcription factor COE1
E: Transcription factor COE1
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5917
ポリマ－90,4605
非ポリマー1312
水8,017445
1
A: Transcription factor COE1
B: Transcription factor COE1
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9386
ポリマ－64,8074
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
2
E: Transcription factor COE1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6531
ポリマ－25,6531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.200, 100.700, 72.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor COE1 / Ebf1 / O/E-1 / OE-1 / Early B-cell factor


分子量: 25653.146 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ebf1 / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q07802
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6750.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10% PEG-4000, 200mM KCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月3日
放射モノクロメーター: Bartels / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.31 Å / Num. all: 39094 / Num. obs: 38953 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4454 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MLO

3mlo


解像度: 2.4→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 13.38 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21861 1948 5 %RANDOM
Rwork0.17096 ---
obs0.17338 37005 100 %-
all-39094 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.571 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å20 Å20.31 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 896 2 445 6007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.352.1398074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5225599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90623.923260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00815850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3761541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.52931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04524741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56932906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3524.53321
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 131 -
Rwork0.227 2483 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07240.27660.80861.10560.7543.46780.0093-0.0381-0.0850.06130.0796-0.10640.1567-0.0118-0.0890.09810.0128-0.00150.0306-0.00120.01432.486-10.34933.49
21.53920.37860.00241.99880.80272.2009-0.14890.074-0.2963-0.180.2058-0.23130.23710.0939-0.05690.245-0.02470.06740.0906-0.03390.07412.793-23.104-8.567
32.15870.1770.33953.56331.44616.68210.08190.12110.1146-0.1849-0.04160.2064-0.4359-0.2299-0.04030.07740.0002-0.00540.02710.01260.0215-17.991-36.08212.495
44.92030.5334-0.11171.6213-0.1841.3268-0.18430.22730.2538-0.07970.1696-0.0832-0.07840.01740.01470.06740.0007-0.00940.0939-0.00830.02252.658-4.3958.402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B35 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3E27 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 22
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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