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- PDB-3ml4: Crystal structure of a complex between Dok7 PH-PTB and the MuSK j... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ml4
タイトルCrystal structure of a complex between Dok7 PH-PTB and the MuSK juxtamembrane region
要素
  • Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
  • Protein Dok-7
キーワードSIGNALING PROTEIN / tyrosine phosphorylation / adapter protein / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein geranylgeranylation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / motor neuron apoptotic process / neuromuscular junction development / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / receptor clustering ...positive regulation of protein geranylgeranylation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / motor neuron apoptotic process / neuromuscular junction development / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / receptor clustering / positive regulation of Rac protein signal transduction / signaling adaptor activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / phosphatidylinositol binding / PDZ domain binding / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / positive regulation of protein phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / postsynaptic membrane / cell differentiation / receptor complex / synapse / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein Dok-7 / Dok-7, PH domain / Dok-7, PTB domain / IRS-type PTB domain profile. / Phosphotyrosine-binding domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / IRS-type PTB domain ...Protein Dok-7 / Dok-7, PH domain / Dok-7, PTB domain / IRS-type PTB domain profile. / Phosphotyrosine-binding domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Roll / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Dok-7 / Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bergamin, E. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: The Cytoplasmic Adaptor Protein Dok7 Activates the Receptor Tyrosine Kinase MuSK via Dimerization.
著者: Bergamin, E. / Hallock, P.T. / Burden, S.J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Dok-7
B: Protein Dok-7
C: Protein Dok-7
D: Protein Dok-7
E: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
F: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
G: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
H: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4178
ポリマ－107,4178
非ポリマー00
水1,26170
1
A: Protein Dok-7
B: Protein Dok-7
E: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
F: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7084
ポリマ－53,7084
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
2
C: Protein Dok-7
D: Protein Dok-7
G: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase
H: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7084
ポリマ－53,7084
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.600, 134.600, 121.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Protein Dok-7 / Downstream of tyrosine kinase 7


分子量: 25100.234 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 1-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dok7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q18PE0
#2: タンパク質・ペプチド
Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase / Muscle-specific tyrosine-protein kinase receptor / Muscle-specific kinase receptor / MuSK


分子量: 1753.959 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 544-556 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide (12MER) / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q61006
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.7 M Na-K tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97854 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 39533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 11.941 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30222 1981 5 %RANDOM
Rwork0.25268 ---
obs0.25518 37533 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 0 70 6712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.9719246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6055851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78922.088273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.66151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9361556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7211.54386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66226831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08532789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5054.52415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 148 -
Rwork0.305 2738 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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