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- PDB-3mko: Crystal Structure of the Lymphocytic Choriomeningitis Virus Membr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mko
タイトルCrystal Structure of the Lymphocytic Choriomeningitis Virus Membrane Fusion Glycoprotein GP2 in its Postfusion Conformation
要素Glycoprotein C
キーワードVIRAL PROTEIN / Trimeric coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1590 / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Igonet, S. / Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: X-ray structure of the arenavirus glycoprotein GP2 in its postfusion hairpin conformation
著者: Igonet, S. / Vaney, M.C. / Vonhrein, C. / Bricogne, G. / Stura, E.A. / Hengartner, H. / Eschli, B. / Rey, F.A.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32011年12月28日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7816
ポリマ－16,1211
非ポリマー6605
水1,63991
1
A: Glycoprotein C
ヘテロ分子

A: Glycoprotein C
ヘテロ分子

A: Glycoprotein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,34418
ポリマ－48,3643
非ポリマー1,98015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.925, 52.925, 191.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-95-

CL

21A-96-

IUM

31A-68-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein C / Arenavirus Glycoprotein 2


分子量: 16121.222 Da / 分子数: 1 / 断片: Ectodomain / 変異: C316S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: WE-HPI / 遺伝子: lcmv-GP / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) / 参照: UniProt: Q9ICW1
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THESE FOUR RESIDUES CORRESPOND TO A PROTEASE (FACTOR XA) CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% MPD, 2% PEG 400, 100mM imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.3354 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年8月2日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3354 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.22 Å / Num. obs: 13777 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 23.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1911 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
BUSTER-TNT2.7.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→37.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9454 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=LG1 NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2314. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=37. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=LG1 NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2314. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=37. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 694 5.04 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
all0.19 ---
obs-13771 87.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2928 Å20 Å20 Å2
2---0.2928 Å20 Å2
3---0.5856 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.125 Å0.186 Å
Luzzati sigma a0.12 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数854 0 28 91 973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01929HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.991259HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d328SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes26HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes129HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it929HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.37
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion117SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1197SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 158 5.71 %
Rwork0.194 2608 -
all0.1953 2766 -
obs--87.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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