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- PDB-3mkn: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleosidase YeiK bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mkn
タイトルCrystal structure of the E. coli pyrimidine nucleosidase YeiK bound to a competitive inhibitor
要素Putative uncharacterized protein YeiK
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Pyrimidine nucleoside hydrolase / nucleotide metabolism / enzyme-inhibitor complex / metalloenzyme / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosylpyrimidine nucleosidase / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihB / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DNB / Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garau, G. / Fornili, A. / Giabbai, B. / Degano, M.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Energy Landscapes Associated with Macromolecular Conformational Changes from Endpoint Structures
著者: Fornili, A. / Giabbai, B. / Garau, G. / Degano, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure to 1.7 A of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy
著者: Giabbai, B. / Degano, M.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein YeiK
B: Putative uncharacterized protein YeiK
C: Putative uncharacterized protein YeiK
D: Putative uncharacterized protein YeiK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,29412
ポリマ－136,1774
非ポリマー1,1178
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.851, 86.446, 97.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 78
2111B1 - 78
3111C1 - 78
4111D1 - 78
1216A79 - 85
2216B79 - 85
3216C79 - 85
4216D79 - 85
1314A86 - 97
2314B86 - 97
3314C86 - 97
4314D86 - 97
1411A98 - 194
2411B98 - 194
3411C98 - 194
4411D98 - 194
1516A212 - 222
2516B212 - 222
3516C212 - 222
4516D212 - 222
1616A223 - 236
2616B223 - 236
3616C223 - 236
4616D223 - 236
1711A237 - 305
2711B237 - 305
3711C237 - 305
4711D237 - 305
1814A306 - 312
2814B306 - 312
3814C306 - 312
4814D306 - 312

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein YeiK / pyrimidine nucleoside hydrolase / RihB


分子量: 34044.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: YeiK / プラスミド: pET28-YeiK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3T3U2, ribosylpyrimidine nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-DNB / (2S,3S,4R,5R)-2-(3,4-diaminophenyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol / Diaminophenyl iminoribitol


分子量: 239.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE LIGAND 3,4-DIAMINOPHENYL-IMINORIBITOL (DAPIR) LABELED AS DNB IN THIS ENTRY CAN BEHAVIOR AS A ...THE LIGAND 3,4-DIAMINOPHENYL-IMINORIBITOL (DAPIR) LABELED AS DNB IN THIS ENTRY CAN BEHAVIOR AS A COMPETITIVE INHIBITOR OF THE E. COLI PYRIMIDINE-SPECIFIC NH YEIK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 45% PPG 500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 / 詳細: Silicon crystal
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. all: 91924 / Num. obs: 91924 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q8F

1q8f


解像度: 2→44.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.44 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19587 4601 5 %RANDOM
Rwork0.17412 ---
obs0.17523 87302 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20.55 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8988 0 72 588 9648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.98512660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0151190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50625.286367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.751151529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9951542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.24690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.26499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6591.56134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05129685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68533547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7454.52975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1804tight positional0.040.05
2B1804tight positional0.060.05
3C1804tight positional0.040.05
4D1804tight positional0.050.05
1A121medium positional0.650.5
2B121medium positional0.470.5
3C121medium positional0.260.5
4D121medium positional0.240.5
1A93loose positional0.935
2B93loose positional0.615
3C93loose positional0.365
4D93loose positional0.315
1A1804tight thermal0.140.5
2B1804tight thermal0.190.5
3C1804tight thermal0.120.5
4D1804tight thermal0.160.5
1A121medium thermal0.832
2B121medium thermal0.882
3C121medium thermal0.482
4D121medium thermal0.912
1A93loose thermal3.4810
2B93loose thermal6.9910
3C93loose thermal2.3110
4D93loose thermal2.9210
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 339 -
Rwork0.229 6195 -
obs--93.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8640.1942-1.0431.22920.18481.68040.1812-1.19280.77530.22710.0883-0.134-0.23130.4577-0.2695-0.0041-0.0424-0.030.2292-0.27770.015332.874-0.67837.438
21.1226-0.3287-0.17361.04680.27270.6458-0.0081-0.0708-0.1823-0.00150.0231-0.07210.05670.0527-0.0151-0.14720.0031-0.0034-0.21030.0181-0.089439.517-28.1739.298
32.67070.41270.16641.45760.26721.41730.1225-0.91320.0570.4012-0.13480.3116-0.005-0.45560.01220.0010.01750.0970.29150.0011-0.0565-9.028-13.7238.505
42.2084-0.0210.15120.64030.1340.58690.03040.2653-0.3468-0.1204-0.01440.06030.0251-0.0613-0.016-0.1210.0062-0.0249-0.1409-0.0353-0.0133-3.339-30.3332.827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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