PDB-3mkm: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mkm

タイトル

Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK (Apo-form)

要素

Putative uncharacterized protein YeiK

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / BACTERIAL NUCLEOSIDASE /

NUCLEOTIDE METABOLISM (ヌクレオチド) /

METALLOENZYME (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

リボシルピリミジンヌクレオシダーゼ / pyrimidine ribonucleoside catabolic process /

uridine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process /

calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Garau, G. / Fornili, A. / Giabbai, B. / Degano, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Energy Landscapes Associated with Macromolecular Conformational Changes from Endpoint Structures
著者: Fornili, A. / Giabbai, B. / Garau, G. / Degano, M.

履歴

登録	2010年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mkm.cif.gz	465.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mkm.ent.gz	382.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mkm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mknC 1q8fS 3b9x S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q8f-d 3mkn-d 3b9x-d 4wr2-1 1yoe-4 3g5i-d 2hez-1 3t8j-1 4k3y-d 6uh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein YeiK

B: Putative uncharacterized protein YeiK

C: Putative uncharacterized protein YeiK

D: Putative uncharacterized protein YeiK

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.601, 85.231, 90.060
Angle α, β, γ (deg.)	66.65, 79.39, 85.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 12
2	1	1	1	B	1 - 12
3	1	1	1	C	1 - 12
4	1	1	1	D	1 - 12
1	2	1	6	A	13 - 15
2	2	1	6	B	13 - 15
3	2	1	6	C	13 - 15
4	2	1	6	D	13 - 15
1	3	1	1	A	16 - 73
2	3	1	1	B	16 - 73
3	3	1	1	C	16 - 73
4	3	1	1	D	16 - 73
1	4	1	6	A	74 - 85
2	4	1	6	B	74 - 85
3	4	1	6	C	74 - 85
4	4	1	6	D	74 - 85
1	5	1	4	A	86 - 97
2	5	1	4	B	86 - 97
3	5	1	4	C	86 - 97
4	5	1	4	D	86 - 97
1	6	1	1	A	98 - 194
2	6	1	1	B	98 - 194
3	6	1	1	C	98 - 194
4	6	1	1	D	98 - 194
1	7	1	4	A	195 - 222
2	7	1	4	B	195 - 222
3	7	1	4	C	195 - 222
4	7	1	4	D	195 - 222
1	8	1	6	A	223 - 236
2	8	1	6	B	223 - 236
3	8	1	6	C	223 - 236
4	8	1	6	D	223 - 236
1	9	1	1	A	237 - 279
2	9	1	1	B	237 - 279
3	9	1	1	C	237 - 279
4	9	1	1	D	237 - 279
1	10	1	4	A	280
2	10	1	4	B	280
3	10	1	4	C	280
4	10	1	4	D	280
1	11	1	1	A	281 - 305
2	11	1	1	B	281 - 305
3	11	1	1	C	281 - 305
4	11	1	1	D	281 - 305
1	12	1	4	A	305 - 312
2	12	1	4	B	305 - 312
3	12	1	4	C	305 - 312
4	12	1	4	D	305 - 312

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein YeiK / pyrimidine nucleoside hydrolase / RihB 分子量: 34044.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: YeiK / プラスミド: pET28-YeiK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C3T3U2, リボシルピリミジンヌクレオシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M TRIS PH 8.5, 0.2M SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→81.65 Å / Num. obs: 58257 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.112 / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.363 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: YEIK PDB CODE 1Q8F

1q8f

解像度: 2.2→47.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 11.522 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22284	2954	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18494	-	-	-
obs	0.18687	55302	94.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	0.59 Å²	1.31 Å²
2-	-	-1.2 Å²	0.04 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9129	0	4	527	9660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.976	12732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.101	3	15139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.11	5	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.862	25.389	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.953	15	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.723	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	6173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.129	1.5	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.696	2	9820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.267	3	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.816	4.5	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2874	tight positional	0.05	0.05
2	B	2874	tight positional	0.05	0.05
3	C	2874	tight positional	0.04	0.05
4	D	2874	tight positional	0.04	0.05
1	A	611	medium positional	0.7	0.5
2	B	611	medium positional	0.78	0.5
3	C	611	medium positional	0.69	0.5
4	D	611	medium positional	0.55	0.5
1	A	148	loose positional	0.98	5
2	B	148	loose positional	1.54	5
3	C	148	loose positional	0.65	5
4	D	148	loose positional	0.88	5
1	A	2874	tight thermal	0.1	0.5
2	B	2874	tight thermal	0.1	0.5
3	C	2874	tight thermal	0.09	0.5
4	D	2874	tight thermal	0.09	0.5
1	A	611	medium thermal	0.87	2
2	B	611	medium thermal	0.75	2
3	C	611	medium thermal	0.7	2
4	D	611	medium thermal	0.44	2
1	A	148	loose thermal	4.76	10
2	B	148	loose thermal	2.91	10
3	C	148	loose thermal	4.26	10
4	D	148	loose thermal	1.62	10

LS精密化シェル

解像度: 2.204→2.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	176	-
R_work	0.231	3807	-
obs	-	-	88.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7016	-0.2345	-0.2825	1.188	-0.0079	0.9162	-0.0196	-0.0955	0.0401	0.0829	0.0543	-0.004	-0.1009	-0.0483	-0.0347	-0.0823	0.0306	-0.0477	-0.0729	-0.015	-0.1282	-10.1507	20.6528	18.3655
2	1.0974	0.232	-0.4238	1.4623	0.1305	1.3135	-0.0026	0.0811	0.0969	-0.1937	0.0408	-0.1867	-0.0848	0.1254	-0.0381	-0.0761	-0.0052	-0.0231	-0.0884	0.0128	-0.075	8.669	22.6096	-17.3801
3	0.703	-0.6045	-0.3355	2.3675	-0.5859	1.7105	-0.1577	-0.2357	-0.0807	0.2653	0.11	0.0042	0.2443	0.0106	0.0478	0.0168	-0.0049	0.0207	-0.0493	0.0231	-0.0443	-3.2478	-22.4592	18.9434
4	0.5476	0.1006	-0.2039	0.8955	0.0956	1.9866	-0.062	0.1209	-0.063	-0.1605	0.014	0.0523	0.3478	-0.1034	0.048	0.0866	-0.0178	0.0252	-0.0884	-0.0152	-0.0655	3.941	-20.5027	-20.3959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 311

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関連情報:EMDBヘッダ

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