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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mkm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK (Apo-form) | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein YeiK | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE HYDROLASE / BACTERIAL NUCLEOSIDASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosylpyrimidine nucleosidase / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Garau, G. / Fornili, A. / Giabbai, B. / Degano, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Energy Landscapes Associated with Macromolecular Conformational Changes from Endpoint Structures 著者: Fornili, A. / Giabbai, B. / Garau, G. / Degano, M. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Crystal structure to 1.7 A of the Escherichia coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK, a novel candidate for cancer gene therapy 著者: Giabbai, B. / Degano, M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: New insights into the mechanism of nucleoside hydrolases from the crystal structure of the Escherichia coli YbeK protein bound to the reaction product 著者: Muzzolini, L. / Versees, W. / Tornaghi, P. / Van Holsbeke, E. / Steyaert, J. / Degano, M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Trypanosomal nucleoside hydrolase. A novel mechanism from the structure with a transition-state inhibitor 著者: Degano, M. / Almo, S.C. / Sacchettini, J.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mkm.cif.gz | 465.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mkm.ent.gz | 382.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mkm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mkm_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mkm_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mkm_validation.xml.gz | 46.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mkm_validation.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/3mkm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34044.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: YeiK / プラスミド: pET28-YeiK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3T3U2, ribosylpyrimidine nucleosidase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M TRIS PH 8.5, 0.2M SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→81.65 Å / Num. obs: 58257 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: YEIK PDB CODE 1Q8F 解像度: 2.2→47.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 11.522 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.962 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.91 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.204→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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