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- PDB-3mip: I-MsoI re-designed for altered DNA cleavage specificity (-8GCG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mip
タイトルI-MsoI re-designed for altered DNA cleavage specificity (-8GCG)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*G)-3')
  • Mso-8G
キーワードDE NOVO PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / homing nuclease / Rosetta design / DE NOVO PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Taylor, G.K. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Computational reprogramming of homing endonuclease specificity at multiple adjacent base pairs.
著者: Ashworth, J. / Taylor, G.K. / Havranek, J.J. / Quadri, S.A. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2010年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mso-8G
B: Mso-8G
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2937
ポリマ－52,1734
非ポリマー1203
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.539, 42.611, 71.524
Angle α, β, γ (deg.)96.45, 107.04, 108.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 6:166 )
211chain B and (resseq 6:166 )

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要素

#1: タンパク質 Mso-8G


分子量: 18713.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 7412.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: top strand oligonucleotide target
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 7332.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: bottom strand oligonucleotide target
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% PEG 4000, 100mM Tris, 20mM NaCl, 5mM CaCl2, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: Confocal Varimax Optics Systems
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 17948 / Num. obs: 17356 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 1675 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→22.959 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 1582 10.03 %random
Rwork0.2257 ---
obs0.2316 15769 90.9 %-
all-17351 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.973 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2644 978 3 87 3712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1845318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.1811510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004516
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1322X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4750.33761260.28521168X-RAY DIFFRACTION82
2.475-2.56330.35041380.29811187X-RAY DIFFRACTION86
2.5633-2.66580.32961410.28911255X-RAY DIFFRACTION87
2.6658-2.78690.34681330.30471195X-RAY DIFFRACTION86
2.7869-2.93360.39081400.29821243X-RAY DIFFRACTION87
2.9336-3.11690.35671440.27311294X-RAY DIFFRACTION90
3.1169-3.35690.26841490.23651320X-RAY DIFFRACTION94
3.3569-3.69350.26871530.21481375X-RAY DIFFRACTION97
3.6935-4.22510.25931540.20471382X-RAY DIFFRACTION96
4.2251-5.31220.2451460.15811387X-RAY DIFFRACTION97
5.3122-22.95990.20231580.171381X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined-0.04540.1304-0.28450.54660.01541.2547-0.09860.3187-0.1741-0.2350.2104-0.2560.61330.3061-0.17760.1794-0.0048-0.05590.1668-0.01680.23124.6726-2.6558-1.3208
20.2461-0.02710.04220.2020.1014-0.01630.09140.09840.0877-0.01960.0634-0.06920.0084-0.1679-0.07130.544-0.09890.07120.4722-0.05950.3251
3-0.0557-0.413-0.61380.36280.05890.6949-0.2235-0.25160.0429-0.28510.3472-0.07250.89780.4839-0.1363-0.49770.2528-0.35960.1549-0.0053-0.0394
4-0.170.0104-0.12360.28140.09020.40760.13230.1396-0.031-0.14190.12150.0137-0.0372-0.0809-0.13940.12420.0424-0.08080.41720.11120.2108
50.1615-0.22440.07810.2672-0.24890.33870.06640.11640.1348-0.03250.2465-0.125-0.3901-0.0957-0.18020.4398-0.02360.06710.14140.05910.2211
60.10570.4674-0.36640.51810.07580.63710.1022-0.10280.10450.3696-0.09990.2744-0.0603-0.487-0.09120.1921-0.0034-0.02070.20340.03790.2173
70.1388-0.0181-0.0810.0969-0.08720.01620.0842-0.0751-0.0122-0.01390.1665-0.04320.12240.0508-0.10090.5365-0.04180.03590.5465-0.09050.3978
80.9188-0.0073-0.14680.39730.16341.68040.4281-0.00120.01450.1736-0.08730.0617-0.4156-0.5011-0.21080.15450.12440.01910.14990.09670.1354
90.3202-0.19460.15790.1513-0.10660.36760.1325-0.1815-0.10690.06540.1867-0.06340.03960.0795-0.13930.29610.0883-0.1070.22320.03780.2166
100.5643-0.04490.43350.42090.23470.25630.20230.22720.06210.23960.1437-0.08980.10730.3766-0.33860.2383-0.0898-0.05030.3963-0.06560.2335
110.5160.28831.00560.6185-0.99392.34910.33050.0470.151-0.00910.3657-0.0291-1.12430.7128-0.51620.4065-0.22970.17520.2271-0.13770.2417
精密化 TLSグループSelection details: chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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