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- PDB-3mij: Crystal structure of a telomeric RNA G-quadruplex complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mij
タイトルCrystal structure of a telomeric RNA G-quadruplex complexed with an acridine-based ligand.
要素RNA (5'-R(*UP*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA / Quadruplex / RNA-ligand complex / telomeric
機能・相同性: / Chem-R14 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Collie, G.W. / Neidle, S. / Parkinson, G.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of telomeric RNA quadruplex-acridine ligand recognition.
著者: Collie, G.W. / Sparapani, S. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
履歴
登録2010年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7374
ポリマ－3,9091
非ポリマー8283
水28816
1
A: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4758
ポリマ－7,8192
非ポリマー1,6566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area4880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.606, 56.606, 56.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-21-

K

21A-22-

K

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*GP*GP*GP*UP*UP*AP*GP*GP*GP*U)-3')


分子量: 3909.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-R14 / N,N'-[acridine-3,6-diylbis(1H-1,2,3-triazole-1,4-diylbenzene-3,1-diyl)]bis[3-(diethylamino)propanamide] / triazole-acridine conjugate


分子量: 749.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H47N11O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.19 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, sodium chloride, potassium chloride, sodium cacodylate, potassium cacodylate, spermine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→17.9 Å / Num. all: 2511 / Num. obs: 2511 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.462 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.78 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3IBK

3ibk


解像度: 2.6→16.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 21.757 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24752 91 4.6 %RANDOM
Rwork0.23543 ---
obs0.23603 1901 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→16.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 259 58 16 333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0182.994538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2443352
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1384.5538
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 2 -
Rwork0.497 142 -
obs-142 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8194-1.0818-0.78525.0378-3.30892.5129-0.1504-0.05140.3473-0.0798-0.10880.1893-0.41330.08680.25920.12640.02910.04520.14720.0420.220419.9659-21.4686-2.7363
27.8861.0090.55865.36434.06555.84670.02860.47480.4414-0.09210.46760.6362-0.1051-0.5266-0.49610.13360.0498-0.01860.187-0.02340.185319.1291-29.4003-6.8385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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