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万見
- PDB-3mhp: FNR-recruitment to the thylakoid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mhp
タイトルFNR-recruitment to the thylakoid
要素
  • Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic
  • TIC62_peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE / FNR / thylakoid membrane / proton-flux / poly proline II helix / self assembly / NADP(H)
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane protein complex / chloroplast inner membrane / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / protein transport
類似検索 - 分子機能
Protein TIC 62-like / NAD(P)H-binding / Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / NAD(P)-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Protein TIC 62-like / NAD(P)H-binding / Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / NAD(P)-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / NAD(P)-binding domain superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic / Protein TIC 62, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Groll, M. / Alte, F. / Soll, J. / Boelter, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Ferredoxin:NADPH oxidoreductase is recruited to thylakoids by binding to a polyproline type II helix in a pH-dependent manner.
著者: Alte, F. / Stengel, A. / Benz, J.P. / Petersen, E. / Soll, J. / Groll, M. / Bolter, B.
履歴
登録2010年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic
B: Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic
C: TIC62_peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5485
ポリマ－69,9773
非ポリマー1,5712
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.463, 48.824, 71.349
Angle α, β, γ (deg.)106.56, 97.01, 91.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic / FNR


分子量: 33564.609 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-360, FAD-binding FR-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: PETH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10933, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: タンパク質・ペプチド TIC62_peptide


分子量: 2848.139 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 383-408 / 由来タイプ: 合成
詳細: The TIC62 sequence occurs naturally in Pisum sativum. The 27mer has been synthesized by solid-phase peptide synthesis
参照: UniProt: Q8SKU2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM Ammoniumcitrate 20 % PEG 3350 crystal growth - 3 month, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日 / 詳細: Mirrows
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60 Å / Num. all: 66969 / Num. obs: 66902 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Num. unique all: 10509 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QG0

1qg0


解像度: 1.7→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 59157.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3386 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 66707 99.7 %-
all-66802 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4188 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0.42 Å21.28 Å2
2--0.28 Å2-0.05 Å2
3---0.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 106 513 5480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 552 5 %
Rwork0.209 10546 -
obs-10509 99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4fad.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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