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万見
- PDB-1qga: PEA FNR Y308W MUTANT IN COMPLEX WITH NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qga
タイトルPEA FNR Y308W MUTANT IN COMPLEX WITH NADP+
要素PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / PHOTOSYNTHESIS / ELECTRON TRANSFER / HYDRIDE TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Deng, Z. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Arakaki, A.K. / Ottado, J. / Orellano, E.G. / Calcaterra, N.B. / Ceccarelli, E.A. / Carrillo, N. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A productive NADP+ binding mode of ferredoxin-NADP+ reductase revealed by protein engineering and crystallographic studies.
著者: Deng, Z. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Arakaki, A.K. / Ottado, J. / Orellano, E.G. / Calcaterra, N.B. / Ceccarelli, E.A. / Carrillo, N. / Karplus, P.A.
履歴
登録1999年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE)
B: PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8887
ポリマ－69,7342
非ポリマー3,1545
水13,151730
1
A: PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4924
ポリマ－34,8671
非ポリマー1,6253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3963
ポリマ－34,8671
非ポリマー1,5292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 110.300, 80.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.986029, -0.044485, -0.160521), (-0.038152, 0.998375, -0.042323), (0.162143, -0.035608, -0.986125)
ベクター: 22.6832, 3.4431, 40.5246)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE) / FNR


分子量: 34867.102 Da / 分子数: 2 / 変異: Y308W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 器官: LEAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10933, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.5 mg/mlprotein1drop
25 mMpotassium phosphate1drop
32.1 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 57761 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 224800 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.314

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Y308S:NADP+

解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2920 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-56831 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.58 Å20 Å22.762 Å2
2---13.3 Å20 Å2
3----7.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 207 730 5733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 338 5 %
Rwork0.339 6577 -
obs--89.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.363 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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