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- PDB-3mhg: Dihydroxyacetone phosphate carbanion intermediate in tagatose-1,6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mhg
タイトルDihydroxyacetone phosphate carbanion intermediate in tagatose-1,6-bisphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes
要素Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
キーワードLYASE / tagatose aldolase class I / beta barrel / streptococcus pyogenes / Schiff base / carbanion
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-bisphosphate aldolase / tagatose-bisphosphate aldolase activity / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者LowKam, C. / Liotard, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of a class I tagatose-1,6-bisphosphate aldolase: investigation into an apparent loss of stereospecificity.
著者: LowKam, C. / Liotard, B. / Sygusch, J.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,91815
ポリマ－145,9574
非ポリマー96111
水44,2092454
1
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4798
ポリマ－72,9792
非ポリマー5006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
2
C: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
D: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4397
ポリマ－72,9792
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.092, 108.182, 238.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2 / Tagatose-bisphosphate aldolase 2 / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 2


分子量: 36489.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: lacD.2, lacD2, M5005_Spy1635, SPy_1919 / プラスミド: pKK222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63705, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris Acetate, Calcium Acetate, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 142361 / Num. obs: 127313 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 12153 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.4_161)精密化
CNS精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→34.52 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 11905 9.94 %random
Rwork0.1555 ---
obs0.1596 119765 93.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.998 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10166 0 43 2454 12663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86614152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9253908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.94180.23932920.18782467X-RAY DIFFRACTION65
1.9418-1.96470.22842880.18352753X-RAY DIFFRACTION73
1.9647-1.98860.22233220.18412907X-RAY DIFFRACTION77
1.9886-2.01380.21753140.18063082X-RAY DIFFRACTION81
2.0138-2.04030.23553850.17793290X-RAY DIFFRACTION87
2.0403-2.06820.26113480.16623439X-RAY DIFFRACTION90
2.0682-2.09780.20233900.16843429X-RAY DIFFRACTION92
2.0978-2.12910.21363970.16773564X-RAY DIFFRACTION93
2.1291-2.16240.20363910.1653584X-RAY DIFFRACTION95
2.1624-2.19780.20664120.16313612X-RAY DIFFRACTION96
2.1978-2.23570.21524340.16313644X-RAY DIFFRACTION96
2.2357-2.27630.22394360.15533655X-RAY DIFFRACTION97
2.2763-2.32010.19873930.15283673X-RAY DIFFRACTION97
2.3201-2.36750.18223920.15253718X-RAY DIFFRACTION98
2.3675-2.41890.20684030.153688X-RAY DIFFRACTION97
2.4189-2.47520.20763890.1613756X-RAY DIFFRACTION98
2.4752-2.53710.21583890.15473731X-RAY DIFFRACTION98
2.5371-2.60560.19514260.16033719X-RAY DIFFRACTION98
2.6056-2.68230.22064280.16263773X-RAY DIFFRACTION98
2.6823-2.76880.2114330.15983699X-RAY DIFFRACTION98
2.7688-2.86770.21254420.16443767X-RAY DIFFRACTION99
2.8677-2.98250.22444170.16243813X-RAY DIFFRACTION99
2.9825-3.11820.19193980.14823799X-RAY DIFFRACTION99
3.1182-3.28240.1943930.14033875X-RAY DIFFRACTION100
3.2824-3.48790.15164040.1423855X-RAY DIFFRACTION99
3.4879-3.75690.15494520.12523824X-RAY DIFFRACTION100
3.7569-4.13440.15024240.12183840X-RAY DIFFRACTION100
4.1344-4.73140.15234330.12553898X-RAY DIFFRACTION100
4.7314-5.95610.18114320.15353946X-RAY DIFFRACTION99
5.9561-34.52510.20284480.1944060X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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