- PDB-3mgk: CRYSTAL STRUCTURE OF PROBABLE PROTEASE/AMIDASE FROM Clostridium a... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgk
タイトル
CRYSTAL STRUCTURE OF PROBABLE PROTEASE/AMIDASE FROM Clostridium acetobutylicum ATCC 824
要素
Intracellular protease/amidase related enzyme (ThiJ family)
キーワード
structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / AMIDOTRANFERASE-LIKE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / peptidase activity / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Intracellular protease/amidase related enzyme (ThiJ family)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→40 Å / Num. obs: 28333 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 95.8
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.767 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24326
901
3.2 %
RANDOM
Rwork
0.18643
-
-
-
obs
0.1884
27055
99.61 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK