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- PDB-3mfq: A Glance into the Metal Binding Specificity of TroA: Where Elabor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mfq
タイトルA Glance into the Metal Binding Specificity of TroA: Where Elaborate Behaviors Occur in the Active Center
要素High-affinity zinc uptake system protein znuA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TroA
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
High-affinity zinc uptake system protein znuA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Gao, G.F. / Zheng, B. / Zhang, Q. / Gao, J. / Han, H. / Li, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Insight into the interaction of metal ions with TroA from Streptococcus suis
著者: Zheng, B. / Zhang, Q. / Gao, J. / Han, H. / Li, M. / Zhang, J. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High-affinity zinc uptake system protein znuA
B: High-affinity zinc uptake system protein znuA
C: High-affinity zinc uptake system protein znuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8936
ポリマ－94,6973
非ポリマー1963
水4,396244
1
A: High-affinity zinc uptake system protein znuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6312
ポリマ－31,5661
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: High-affinity zinc uptake system protein znuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6312
ポリマ－31,5661
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: High-affinity zinc uptake system protein znuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6312
ポリマ－31,5661
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.360, 102.360, 107.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 High-affinity zinc uptake system protein znuA / TroA


分子量: 31565.549 Da / 分子数: 3 / 断片: residues in UNP 36-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: 05ZYH33 / 遺伝子: SSU05_2086 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A4VY63
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.1M Ammonium Sulfate, 6%(v/v) iso-propanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.502
反射解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 30968 / Rmerge(I) obs: 0.0845
反射 シェル解像度: 2.598→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.0845 / Num. unique all: 14663 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1k0f

1k0f


解像度: 2.598→25.443 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.798 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1636 5.28 %random
Rwork0.226 29337 --
obs0.232 30968 90.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.567 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 435.66 Å2 / Biso mean: 58.093 Å2 / Biso min: 12.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.179 Å20 Å20 Å2
2--0.179 Å2-0 Å2
3----0.358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→25.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6579 0 3 244 6826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.619084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0072460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.602-2.6860.3661340.4182501263581
2.686-2.7820.3651480.3482534268283
2.782-2.8930.3581410.3292557269884
2.893-3.0240.2791430.3012632277585
3.024-3.1830.2911570.2692629278686
3.183-3.3820.2531410.2472707284888
3.382-3.6420.2391380.2152736287489
3.642-4.0060.2371420.1942725286787
4.006-4.5810.2111340.1832633276786
4.581-5.7520.261430.1862791293490
5.752-21.0540.2521590.212892305192
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.4849 Å / Origin y: -31.3634 Å / Origin z: -9.9225 Å
111213212223313233
T0.0606 Å20.0016 Å2-0.0102 Å2-0.1117 Å20.0158 Å2--0.1043 Å2
L0.1144 °2-0.009 °2-0.0251 °2-0.2218 °20.061 °2--0.079 °2
S-0.0205 Å °-0.0593 Å °-0.004 Å °-0.0171 Å °0.0038 Å °-0.0028 Å °0.0235 Å °0.0704 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA32 - 309
2X-RAY DIFFRACTION1allB32 - 309
3X-RAY DIFFRACTION1allC32 - 309
4X-RAY DIFFRACTION1allA401
5X-RAY DIFFRACTION1allB401
6X-RAY DIFFRACTION1allC401
7X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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