PDB-3mf3: Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mf3

タイトル

Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta-carbonic anhydrase / Haemophilus influenzae / bicarbonate / zinc metalloenzyme / cobalt substitution

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hoffmann, K.M. / Rowlett, R.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure and Properties of Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase.
著者: Hoffmann, K.M. / Samardzic, D. / van den Heever, K. / Rowlett, R.S.

履歴

登録	2010年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mf3.cif.gz	530 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mf3.ent.gz	443.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mf3_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mf3_full_validation.pdf.gz	520.8 KB	表示
XML形式データ	3mf3_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	3mf3_validation.cif.gz	69.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a8cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2a8d-1 2a8c-1 2a8c-2 2a8d-2 1i6p-1 1t75-d 3e3i-2 4znz-1 1i6o-1 3qy1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

152 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.492, 144.929, 52.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-256- HOH

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 25317.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-Cl, 0.1 M ammonium sulfate, 27% PEG 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 / 詳細: collimating mirror
放射	モノクロメーター: collimating mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→122.463 Å / Num. all: 58139 / Num. obs: 58139 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.421 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DPS	(CHESS)	データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8C

2a8c

解像度: 2.5→29.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.373 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22805	2941	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17304	-	-	-
obs	0.17584	55195	98.91 %	-
all	-	58139	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10483	0	22	204	10709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	10729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.927	14532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.293	5	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.201	24.286	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.207	15	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.531	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	1.5	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.818	2	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.721	3	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.363	4.5	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	224	-
R_work	0.223	4002	-
obs	-	-	98.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6489	-0.0837	0.5191	0.7168	-0.3813	0.5037	0.0241	-0.0105	-0.3131	0.0098	-0.0623	-0.1229	0.0509	0.0953	0.0382	0.0201	0.0319	-0.0049	0.192	0.0412	0.1979	7.745	-92.384	27.857
2	1.3812	-0.1415	-0.2703	0.6639	-0.0843	0.568	0.0019	0.0614	0.2247	0.0395	-0.1165	-0.1423	-0.2755	0.1254	0.1146	0.1488	-0.0788	-0.0888	0.1766	0.0674	0.1425	7.202	-58.559	22.878
3	0.9435	0.0954	0.1863	1.9063	-0.6714	1.112	0.0176	-0.0192	0.182	-0.0801	0.104	0.2123	-0.2068	-0.2311	-0.1217	0.179	0.0131	-0.0031	0.0701	0.0474	0.0938	46.44	-22.283	4.149
4	1.373	0.0698	0.2455	1.7254	0.063	0.4965	0.0428	-0.0499	-0.0569	-0.1049	0.0086	-0.5058	0.0436	0.2069	-0.0515	0.1008	-0.0409	0.0186	0.1423	-0.0018	0.203	77.041	-36.884	7.941
5	1.0093	0.2412	-0.0537	2.052	-0.3683	0.9436	0.0346	-0.0864	-0.0891	-0.002	0.1788	0.4437	-0.0346	-0.3151	-0.2134	0.1062	-0.0777	-0.0053	0.1895	0.1031	0.139	39.102	-38.16	10.566
6	1.0071	0.4665	0.0088	1.6652	0.3967	0.6728	0.0461	-0.0413	-0.2348	-0.1981	0.0935	-0.2458	0.3078	0.1235	-0.1396	0.3126	0.0279	-0.0034	0.0302	-0.0342	0.1511	69.218	-52.868	3.843
7	0.8089	0.6343	-0.2931	0.5626	-0.1993	0.1561	0.0647	-0.071	-0.0658	-0.0007	-0.0648	-0.0609	-0.05	-0.0272	0.0001	0.1371	-0.0174	-0.0533	0.0855	0.0679	0.0947	38.248	-53.427	14.839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	231 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	7	C	231 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	231 - 242
10	X-RAY DIFFRACTION	7	E	231 - 236
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	231 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	7	F	231 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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