[日本語] English
万見
- PDB-3mf3: Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mf3
タイトルCobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / beta-carbonic anhydrase / Haemophilus influenzae / bicarbonate / zinc metalloenzyme / cobalt substitution
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hoffmann, K.M. / Rowlett, R.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure and Properties of Cobalt(II)-Substituted Haemophilus influenzae B-Carbonic Anhydrase.
著者: Hoffmann, K.M. / Samardzic, D. / van den Heever, K. / Rowlett, R.S.
履歴
登録2010年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
C: Carbonic anhydrase 2
D: Carbonic anhydrase 2
E: Carbonic anhydrase 2
F: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,49716
ポリマ－151,9076
非ポリマー59010
水3,675204
1
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,74412
ポリマ－101,2724
非ポリマー4728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area16510 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
2
C: Carbonic anhydrase 2
D: Carbonic anhydrase 2
E: Carbonic anhydrase 2
F: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,62510
ポリマ－101,2724
非ポリマー3546
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18000 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area32900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.492, 144.929, 52.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-256-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2


分子量: 25317.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-Cl, 0.1 M ammonium sulfate, 27% PEG 4,000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 / 詳細: collimating mirror
放射モノクロメーター: collimating mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→122.463 Å / Num. all: 58139 / Num. obs: 58139 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DPS(CHESS)データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8C

2a8c


解像度: 2.5→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.373 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.469 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22805 2941 5.1 %RANDOM
Rwork0.17304 ---
obs0.17584 55195 98.91 %-
all-58139 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.11 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10483 0 22 204 10709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02110729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.92714532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20124.286525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.207151877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5311560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.56472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.818210408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72134257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3634.54124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 224 -
Rwork0.223 4002 -
obs--98.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6489-0.08370.51910.7168-0.38130.50370.0241-0.0105-0.31310.0098-0.0623-0.12290.05090.09530.03820.02010.0319-0.00490.1920.04120.19797.745-92.38427.857
21.3812-0.1415-0.27030.6639-0.08430.5680.00190.06140.22470.0395-0.1165-0.1423-0.27550.12540.11460.1488-0.0788-0.08880.17660.06740.14257.202-58.55922.878
30.94350.09540.18631.9063-0.67141.1120.0176-0.01920.182-0.08010.1040.2123-0.2068-0.2311-0.12170.1790.0131-0.00310.07010.04740.093846.44-22.2834.149
41.3730.06980.24551.72540.0630.49650.0428-0.0499-0.0569-0.10490.0086-0.50580.04360.2069-0.05150.1008-0.04090.01860.1423-0.00180.20377.041-36.8847.941
51.00930.2412-0.05372.052-0.36830.94360.0346-0.0864-0.0891-0.0020.17880.4437-0.0346-0.3151-0.21340.1062-0.0777-0.00530.18950.10310.13939.102-38.1610.566
61.00710.46650.00881.66520.39670.67280.0461-0.0413-0.2348-0.19810.0935-0.24580.30780.1235-0.13960.31260.0279-0.00340.0302-0.03420.151169.218-52.8683.843
70.80890.6343-0.29310.5626-0.19930.15610.0647-0.071-0.0658-0.0007-0.0648-0.0609-0.05-0.02720.00010.1371-0.0174-0.05330.08550.06790.094738.248-53.42714.839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7A231 - 235
8X-RAY DIFFRACTION7C231 - 245
9X-RAY DIFFRACTION7B231 - 242
10X-RAY DIFFRACTION7E231 - 236
11X-RAY DIFFRACTION7D231 - 237
12X-RAY DIFFRACTION7F231 - 237

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る