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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mez | ||||||
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タイトル | X-ray structural analysis of a mannose specific lectin from dutch crocus (crocus vernus) | ||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akrem, A. / Meyer, A. / Perbandt, M. / Voelter, W. / Buck, F. / Betzel, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structural analysis of a mannose specific lectin from dutch crocus (crocus vernus) 著者: Akrem, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1msaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12013.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bulb / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 12478.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Bulb / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-FMT / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | AUTHOR WILL CONTACT UNIPROT FOR MODIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 48106 / Observed criterion σ(I): 3.84 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MSA 解像度: 1.94→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.405 / SU ML: 0.098 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.909 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
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