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- PDB-3meq: Crystal structure of alcohol dehydrogenase from Brucella melitensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3meq
タイトルCrystal structure of alcohol dehydrogenase from Brucella melitensis
要素Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / infectious disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / alcohol dehydrogenase / Zinc-binding dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase, zinc-containing / Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arakaki, T.L. / Staker, B.L. / Gardberg, A. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of alcohol dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Arakaki, T.L. / Gardberg, A. / Staker, B.L. / Sankaran, B.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
B: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
C: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
D: Alcohol dehydrogenase, zinc-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,63433
ポリマ－154,2964
非ポリマー2,33829
水10,503583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16100 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area48100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.365, 103.799, 152.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細tetramer

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase, zinc-containing


分子量: 38573.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 遺伝子: BR0203 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G2V9, UniProt: A0A0H3G9R2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 612分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 94303 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.036.30.49145231.01297.1
2.03-2.076.40.46145811.0797.8
2.07-2.116.40.446301.01498.4
2.11-2.156.40.34646231.01598.7
2.15-2.26.50.30546461.03999.1
2.2-2.256.50.27246581.08399.5
2.25-2.316.60.24246751.0699.4
2.31-2.376.70.19446781.04699.7
2.37-2.446.90.17246831.01699.9
2.44-2.5270.15147421.0199.7
2.52-2.617.10.1346731.00599.9
2.61-2.717.30.11547261.07699.9
2.71-2.847.40.09647201.03199.9
2.84-2.997.60.0847201.052100
2.99-3.177.70.07147581.094100
3.17-3.4280.05947541.046100
3.42-3.768.30.05247730.966100
3.76-4.318.60.04848100.948100
4.31-5.438.80.04648670.946100
5.43-508.40.05250630.946100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.63 Å
Translation2.5 Å45.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LLU

1llu


解像度: 2→44.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.201 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 4713 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 94057 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9881 0 123 583 10587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.96614169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.099316651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83151402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6924.519405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.129151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7521553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.56764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1181.52822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.038210879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85633616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0694.53267
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 300 -
Rwork0.206 6197 -
all-6497 -
obs--94.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48880.3309-0.17411.6723-0.54980.3141-0.04960.312-0.1035-0.2705-0.0023-0.1764-0.00750.16950.0520.2964-0.04890.02130.366-0.02570.190725.311-22.3865-24.9192
21.57620.12251.04170.91150.57091.5555-0.01530.0797-0.1532-0.01350.04270.01350.036-0.0009-0.02740.2855-0.01990.0130.3011-0.0020.288323.6284-23.7908-11.4488
30.45690.2170.07071.12560.21780.9854-0.00780.10040.0458-0.14990.04680.0955-0.0754-0.0286-0.0390.28730.0118-0.0390.28710.00670.28915.7962-1.2063-13.4074
40.91870.59190.23931.23550.2450.4534-0.04210.14250.1514-0.20190.04510.0408-0.16030.0648-0.0030.3155-0.0114-0.01430.26820.01530.268126.79022.6252-8.934
51.5928-0.2365-0.90561.26560.82761.7792-0.05340.33090.0901-0.4942-0.00310.1264-0.0422-0.12350.05640.398-0.0265-0.06760.30440.03870.194718.1626-9.2342-29.3928
62.7697-0.42520.01380.90060.40991.36580.018-0.3581-0.46070.1947-0.01680.23180.1725-0.1475-0.00120.2508-0.01960.04340.22390.09170.337820.6934-42.436319.1104
71.5617-0.81540.9031.8876-0.25460.89280.03330.1599-0.0631-0.06-0.07260.00770.00120.06490.03930.2886-0.00410.02480.29770.01170.290822.7513-29.55126.6681
80.7438-0.09130.09690.95330.30940.3809-0.0326-0.1005-0.07450.06370.0532-0.00260.0509-0.0024-0.02060.27820.01110.01440.29190.02590.262128.1072-26.363719.8935
91.2389-0.2911-0.46880.71150.49450.8662-0.0268-0.36260.07510.19450.02250.00940.07460.03770.00430.29210.01860.00720.3343-0.0140.222321.719-12.405630.2369
103.35622.04180.17923.9514-0.57571.22520.1011-0.69-0.27820.5073-0.0652-0.07510.1325-0.1985-0.03590.27170.04290.01310.3590.07880.20130.4812-34.914128.651
111.54160.02950.60211.9892-0.5814.2115-0.157-0.40690.32610.21980.08370.1721-0.7001-0.59370.07330.31160.20550.00040.2926-0.13830.33871.475921.758325.3971
124.0336-1.71661.54672.18450.66571.8123-0.029-0.14650.18650.0397-0.0277-0.0883-0.0335-0.10310.05670.28790.02520.03410.2807-0.04940.305616.720911.776222.8414
130.80130.02460.12141.00870.17710.8985-0.0459-0.08130.14940.02490.01840.1417-0.1016-0.1320.02760.25820.0337-0.00580.2801-0.01710.31990.55244.025311.0612
140.82120.09910.1181.701-0.45210.5778-0.0301-0.10590.01020.02570.03650.12940.0229-0.1205-0.00640.24860.01660.01660.288-0.02230.27795.5571-6.008115.069
153.9354-2.50793.82861.8463-1.367413.3489-0.1621-1.0346-0.53820.07290.4840.616-0.3164-2.0762-0.32190.06960.18050.01790.64350.05130.5656-10.859615.155619.496
161.9446-0.00461.13754.9239-1.05550.9463-0.14110.06240.22370.5359-0.0017-1.0787-0.2430.04560.14280.4045-0.1655-0.01460.2213-0.07620.840252.494130.709612.5879
171.4424-0.1131-0.05762.6886-0.37743.0318-0.1054-0.17590.35580.46280.0802-0.2156-0.2211-0.00660.02520.3698-0.0171-0.10510.2099-0.08140.352543.032523.859218.7528
183.13880.28750.58051.66450.12940.7318-0.0727-0.1080.26320.17990.02350.035-0.1435-0.05520.04910.3198-0.0202-0.03570.2316-0.03310.296333.453319.808613.6661
190.6352-0.20120.11410.98380.11010.9379-0.0507-0.03310.04150.07120.0428-0.134-0.03580.10440.00790.265-0.0103-0.01680.2814-0.00490.304744.2309-2.04049.6379
202.02220.42770.8213.7366-4.35656.0119-0.29220.1166-0.28580.1061-0.4506-0.8956-0.23530.61530.74280.18-0.0403-0.20260.23680.00820.674457.128316.73717.7128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3A137 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4A219 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5A310 - 343
6X-RAY DIFFRACTION6B3 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7B78 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8B113 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9B189 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10B303 - 344
11X-RAY DIFFRACTION11C3 - 86
12X-RAY DIFFRACTION12C87 - 112
13X-RAY DIFFRACTION13C113 - 229
14X-RAY DIFFRACTION14C230 - 312
15X-RAY DIFFRACTION15C313 - 343
16X-RAY DIFFRACTION16D3 - 17
17X-RAY DIFFRACTION17D18 - 90
18X-RAY DIFFRACTION18D91 - 134
19X-RAY DIFFRACTION19D135 - 312
20X-RAY DIFFRACTION20D313 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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