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- PDB-3mef: MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI SOLUTION NMR STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mef
タイトルMAJOR COLD-SHOCK PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI SOLUTION NMR STRUCTURE
要素PROTEIN (COLD-SHOCK PROTEIN A)
キーワードGENE REGULATION / COLD-SHOCK PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / SINGLE-STRANDED RNA/DNA BINDING / OB FOLD / GREEK-KEY TOPOLOGY / RNA CHAPERONE / AROMATIC-BASE STACKING INTERACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of termination of DNA-templated transcription / transcription antitermination factor activity, RNA binding / response to cold / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins ...Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock protein CspA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / CONSTRAINT-VIOLATION MINIMIZATION IN DIHEDRAL ANGLE SPACE
データ登録者Feng, W. / Tejero, R. / Montelione, G.T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution NMR structure and backbone dynamics of the major cold-shock protein (CspA) from Escherichia coli: evidence for conformational dynamics in the single-stranded RNA-binding site.
著者: Feng, W. / Tejero, R. / Zimmerman, D.E. / Inouye, M. / Montelione, G.T.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Solution NMR Structure of the Major Cold Shock Protein (CspA) from Escherichia Coli: Identification of a Binding Epitope for DNA
著者: Newkirk, K. / Feng, W. / Jiang, W. / Tejero, R. / Emerson, S.D. / Inouye, M. / Montelione, G.T.
履歴
登録1998年10月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
置き換え1998年10月14日ID: 1MEF
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COLD-SHOCK PROTEIN A)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2801
ポリマ－7,2801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 500LOWEST VALUE OF TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COLD-SHOCK PROTEIN A) / CSPA / CS7.4


分子量: 7280.057 Da / 分子数: 1 / 断片: FULL LENGTH PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 解説: PCR-GENERATED GENE / 遺伝子: U60035 / プラスミド: PET11-CSPA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): U60035 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9X9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D PFG-[15N]HSQC
1213D PFG-HNCO
1313D PFG-(HA)CA(CO)NH
1413D PFG-HA(CA)(CO)NH
1513D PFG-HA(CA)NH
1613D PFG-CBCANH
1713D PFG-CBCA(CO)NH
1813D PFG- (HA)CANH
1913D PFG-HCCNH-TOCSY
11013D PFG-HCC(CO)NH-TOCSY
11112D CT PFG-[13C 2D HSQC-TOCSY
11212D 2QF-COSY
11312D NOESY
11412D TOCSY
11513D PFG-15N-EDITED NOESY
11612D HSQC-J
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED USING DOUBLE- AND TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY METHODS ON UNENRICHED, 15N-ENRICHED, AND 13C,15N-ENRICHED CSPA FROM E.COLI -

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 MILLIMOLAR SODIUM PHOSPHATE / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DIANAWUTHRICH精密化
DIANA構造決定
精密化手法: CONSTRAINT-VIOLATION MINIMIZATION IN DIHEDRAL ANGLE SPACE
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST VALUE OF TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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