PDB-3me9: Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3me9

タイトル

Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide

要素

Histone H3
SAGA-associated factor 29 homolog

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleus / Transcription regulation / Chromosomal protein / DNA-binding / Nucleosome core

機能・相同性

機能・相同性情報

SAGA-type complex / histone H3K36me3 reader activity / establishment of protein localization to chromatin / histone H3K4me3 reader activity / ATAC complex / SAGA complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of RNA splicing / regulation of cell division / regulation of embryonic development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Bian, C. / Tempel, W. / Xu, C. / Guo, Y. / Dong, A. / Crombet, L. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Sgf29 binds histone H3K4me2/3 and is required for SAGA complex recruitment and histone H3 acetylation.
著者: Bian, C. / Xu, C. / Ruan, J. / Lee, K.K. / Burke, T.L. / Tempel, W. / Barsyte, D. / Li, J. / Wu, M. / Zhou, B.O. / Fleharty, B.E. / Paulson, A. / Allali-Hassani, A. / Zhou, J.Q. / Mer, G. / ...

履歴

登録	2010年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3me9.cif.gz	95 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3me9.ent.gz	71 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3me9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3me9_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3me9_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	3me9_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	3me9_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3me9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3me9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lx7C 3meaC 3metC 3meuC 3mevC 3mewC 3mp1C 3mp6C 3mp8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d0d-2 2vli-1 1qjs-2 4d0d-1 4npr-3 2j66-d 3lfj-d 1gnz-1 2wvo-d 4f6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SAGA-associated factor 29 homolog

B: SAGA-associated factor 29 homolog

C: Histone H3

D: Histone H3

ヘテロ分子

43.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SAGA-associated factor 29 homolog

D: Histone H3

ヘテロ分子

A: SAGA-associated factor 29 homolog

C: Histone H3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SAGA-associated factor 29 homolog

C: Histone H3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: SAGA-associated factor 29 homolog

D: Histone H3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.038, 65.434, 105.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	SAGA-associated factor 29 homolog / Coiled-coil domain-containing protein 101 分子量: 20295.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 115-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC101, SGF29 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96ES7
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3 / H3K4me3 8mer 分子量: 1293.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 2-9 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: H3K4me3 8mer 由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q92133

#1: タンパク質

SAGA-associated factor 29 homolog / Coiled-coil domain-containing protein 101

分子量: 20295.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 115-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC101, SGF29 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96ES7

#2: タンパク質・ペプチド

Histone H3 / H3K4me3 8mer

分子量: 1293.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 2-9 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: H3K4me3 8mer
由来: (合成)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q92133

-
非ポリマー , 4種, 316分子

#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	0.97927
回転陽極			RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年10月15日
RIGAKU RAXIS	2	IMAGE PLATE	2009年10月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97927	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.37→20 Å / Num. obs: 73960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.37-1.39	6.9	0.972	1,2	100
1.39-1.42	7	0.827	1,2	100
1.42-1.45	7.1	0.707	1,2	100
1.45-1.48	7.1	0.595	1,2	100
1.48-1.51	7.1	0.521	1,2	100
1.51-1.54	7.1	0.438	1,2	100
1.54-1.58	7.2	0.362	1,2	100
1.58-1.62	7.2	0.327	1,2	100
1.62-1.67	7.2	0.275	1,2	100
1.67-1.73	7.2	0.225	1,2	100
1.73-1.79	7.2	0.186	1,2	100
1.79-1.86	7.2	0.147	1,2	100
1.86-1.94	7.2	0.127	1,2	100
1.94-2.05	7.2	0.106	1,2	100
2.05-2.17	7.2	0.096	1,2	100
2.17-2.34	7.2	0.088	1,2	100
2.34-2.58	7.1	0.075	1,2	100
2.58-2.95	6.9	0.059	1,2	100
2.95-3.71	7.2	0.046	1,2	100
3.71-20	6.9	0.041	1,2	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.37→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / Matrix type: sparse / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 0.979 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21353	2001	2.719 %	RANDOM
R_work	0.19105	71590	-	-
obs	0.19167	73591	99.995 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.317 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.372 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2822	0	27	302	3151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.986	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	5143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.731	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.565	23.504	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.679	15	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.335	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.942	1.5	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.271	1.5	734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.645	2	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.564	3	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.695	4.5	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.37-1.405	0.297	144	0.294	5195	0.294	5339	100	0.28
1.405-1.444	0.278	151	0.251	5100	0.252	5251	100	0.233
1.444-1.485	0.234	140	0.217	4928	0.218	5068	100	0.196
1.485-1.531	0.224	123	0.208	4814	0.209	4937	100	0.184
1.531-1.581	0.245	128	0.196	4669	0.198	4797	100	0.171
1.581-1.636	0.241	107	0.186	4524	0.187	4631	100	0.161
1.636-1.697	0.227	88	0.182	4391	0.183	4479	100	0.159
1.697-1.766	0.22	197	0.18	4116	0.182	4313	100	0.156
1.766-1.844	0.257	84	0.183	4079	0.184	4163	100	0.16
1.844-1.933	0.19	77	0.18	3910	0.18	3987	100	0.161
1.933-2.036	0.195	134	0.18	3642	0.18	3776	100	0.164
2.036-2.159	0.237	72	0.173	3537	0.174	3609	100	0.162
2.159-2.306	0.176	110	0.178	3282	0.178	3392	100	0.169
2.306-2.488	0.237	116	0.186	3056	0.188	3172	100	0.179
2.488-2.721	0.207	45	0.199	2881	0.199	2926	100	0.195
2.721-3.035	0.216	71	0.189	2595	0.19	2666	100	0.192
3.035-3.491	0.197	93	0.195	2283	0.195	2376	100	0.201
3.491-4.244	0.168	51	0.168	2001	0.168	2052	100	0.183
4.244-5.871	0.192	42	0.174	1596	0.175	1638	100	0.199
5.871-20	0.264	28	0.261	991	0.261	1023	99.609	0.301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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