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- PDB-3me0: Structure of the E. coli chaperone PAPD in complex with the pilin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3me0
タイトルStructure of the E. coli chaperone PAPD in complex with the pilin domain of the PapGII adhesin
要素
  • Chaperone protein papD
  • PapG protein
キーワードCHAPERONE / IMMUNOGLOBULIN PILIN CHAPERONE / FIMBRIUM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / : / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PapG, chaperone-binding / PapG chaperone-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain superfamily / PapG carbohydrate binding domain / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily ...PapG, chaperone-binding / PapG chaperone-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain / PapG, carbohydrate-binding domain superfamily / PapG carbohydrate binding domain / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein PapD / Fimbrial adhesin PapGII / PapG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ford, B.A. / Elam, J.S. / Dodson, K.W. / Pinkner, J.S. / Hultgren, S.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the E. Coli Chaperone PapD in Complex with the Pilin Domain of the PapGII Adhesin
著者: Ford, B.A. / Verger, D. / Elam, J.S. / Dodson, K.W. / Pinkner, J.S. / Waksman, G. / Hultgren, S.J.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein papD
B: PapG protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5832
ポリマ－38,5832
非ポリマー00
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.665, 65.845, 56.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-393-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein papD


分子量: 24730.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: papD / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P15319
#2: タンパク質 PapG protein


分子量: 13852.578 Da / 分子数: 1 / Fragment: PILIN DOMAIN (UNP residues 215-336) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: c3583, papG, PAPGII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8FDY8, UniProt: Q47450*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1M SODIUM MALONATE, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→28.4 Å / Num. obs: 24169 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASEREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→28.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.241 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1296 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 24168 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 0 314 2997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.9583739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.0763.0024605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0485344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.4623.967121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2815470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2720.22028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1180.21478
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1140.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2741.51717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21722785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93431037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.224.5953
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 84 -
Rwork0.266 1650 -
obs--94.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6925-1.1308-1.15570.98160.94091.2489-0.00840.0578-0.1782-0.0119-0.06760.13810.0482-0.06460.07610.0621-0.0236-0.00640.0355-0.0270.0216-31.493-8.686-19.556
27.309-2.84950.19141.58380.05840.04250.08860.4477-0.32390.036-0.12590.04410.0749-0.08130.03730.0621-0.0045-0.01760.07740.00880.0431-24.273-6.622-17.907
31.00150.59980.31341.5890.37031.30930.0027-0.09230.08190.0472-0.067-0.0096-0.0826-0.02710.06430.0736-0.0073-0.00440.0565-0.0228-0.0014-32.67717.09-7.595
410.6672-5.67033.56113.7228-3.03733.03680.05970.3658-0.201-0.2899-0.0945-0.1817-0.0740.24640.03480.05510.01420.0077-0.0109-0.07550.1045-3.839-8.609-21.528
53.3418-1.9825-0.04162.0476-0.16941.3050.0342-0.3095-0.2855-0.00010.08550.1034-0.0473-0.0239-0.1197-0.0098-0.0092-0.0420.03140.01610.0493-9.509-5.586-12.187
63.1095-1.80960.16671.9291-0.58631.08360.0874-0.3221-0.0161-0.00610.0459-0.142-0.09290.1567-0.1333-0.00840.0072-0.02060.0567-0.01270.081-6.09-3.117-12.423
77.7191-3.0527-1.15071.55840.76490.445-0.2665-0.745-0.67110.17510.37730.24210.01330.0003-0.11090.0783-0.0075-0.01520.09950.06020.0597-8.258-13.025-12.913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3A123 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4B214 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5B239 - 277
6X-RAY DIFFRACTION6B278 - 316
7X-RAY DIFFRACTION7B319 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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