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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mdr | ||||||
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タイトル | Tranylcypromine complex of Cytochrome P450 46A1 | ||||||
![]() | Cholesterol 24-hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP46A1 / P450 46A1 / P450 / TRANYLCYPROMINE / MONOOXYGENASE / METABOLIC ENZYME / HEME / Cholesterol metabolism / Endoplasmic reticulum / Iron / Lipid metabolism / Membrane / Metal-binding / Microsome / NADP / Steroid metabolism / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity ...cholesterol 24-hydroxylase / cholesterol 24-hydroxylase activity / protein localization to membrane raft / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / progesterone metabolic process / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / regulation of long-term synaptic potentiation / steroid hydroxylase activity / Endogenous sterols / cholesterol catabolic process / xenobiotic metabolic process / presynapse / nervous system development / postsynapse / iron ion binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of drug binding to CYP46A1, an enzyme that controls cholesterol turnover in the brain. 著者: Mast, N. / Charvet, C. / Pikuleva, I.A. / Stout, C.D. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of substrate-bound and substrate-free cytochrome P450 46A1, the principal cholesterol hydroxylase in the brain. 著者: Mast, N. / White, M.A. / Bjorkhem, I. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Pikuleva, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52125.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 12% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM KPi, 0.1 M trimethylamine N-oxide, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 / 詳細: Rh coated flat mirror | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→92.72 Å / Num. all: 68703 / Num. obs: 68703 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 32223 / Num. unique all: 9957 / Rsym value: 0.532 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q9F 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES:REFINED INDIVIDUALLY TWO TWIN DOMAINS: H,K,L TWIN FRACTION 0.532 -H,K,-L TWIN FRACTION 0.468
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.15 Å2 / Biso mean: 37.984 Å2 / Biso min: 14.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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