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- PDB-3mco: Crystal Structure of the 6-hyroxymethyl-7,8-dihydropterin pyropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mco
タイトルCrystal Structure of the 6-hyroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase dihydropteroate synthase bifunctional enzyme from Francisella tularensis
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / folate (葉酸) / TIM barrel (TIMバレル) / kinase (キナーゼ) / synthase / HPPK / DHPS / pterin (プテリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / Dihydropteroate synthase-like / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Chem-PH2 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. holarctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pemble IV, C.W. / Mehta, P.K. / Mehra, S. / Li, Z. / Lee, R.E. / White, S.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase.dihydropteroate synthase bifunctional enzyme from Francisella tularensis.
著者: Pemble, C.W. / Mehta, P.K. / Mehra, S. / Li, Z. / Nourse, A. / Lee, R.E. / White, S.W.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase
B: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,06312
ポリマ－101,1752
非ポリマー1,88810
水1,02757
1
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5316
ポリマ－50,5871
非ポリマー9445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5316
ポリマ－50,5871
非ポリマー9445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.521, 58.472, 109.327
Angle α, β, γ (deg.)82.000, 81.000, 68.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/dihydropteroate synthase


分子量: 50587.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. holarctica (バクテリア)
株: LVS / 遺伝子: folP/K, FTL_1265 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2A2W3
#2: 化合物
ChemComp-PH2 / 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE / 6-ヒドロキシメチル-7,8-ジヒドロプテリン


分子量: 195.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O2
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: TRIS, Na Acetate, PEG 4000, Glyerol, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.2 Å / Num. all: 42690 / Num. obs: 41121 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.378 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3659 / % possible all: 84.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2QX0, 1TWW

2qx0

1tww


解像度: 2.3→38.251 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2089 5.08 %random
Rwork0.241 ---
obs0.243 41099 95.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.759 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.44 Å2 / Biso mean: 40.282 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.398 Å20.392 Å2-0.099 Å2
2---1.428 Å2-0.08 Å2
3---1.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6327 0 122 57 6506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2058829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7352524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.3780.371830.2843268345179
2.378-2.4730.3372060.2683716392292
2.473-2.5860.3512050.2643869407496
2.586-2.7220.3532090.2534001421098
2.722-2.8930.2822190.2444014423398
2.893-3.1160.2932170.243995421298
3.116-3.4290.2931960.2314043423998
3.429-3.9250.2652050.2314049425499
3.925-4.9440.2672130.2214032424599
4.944-38.2560.282360.2354023425999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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