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- PDB-3mcg: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A LIGHT CHAIN DIMER CRYSTALLIZED I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mcg
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A LIGHT CHAIN DIMER CRYSTALLIZED IN WATER. CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF A MOLECULE IN TWO CRYSTAL FORMS
要素IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin lambda variable 2-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ely, K.R. / Herron, J.N. / Edmundson, A.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Three-dimensional structure of a light chain dimer crystallized in water. Conformational flexibility of a molecule in two crystal forms.
著者: Ely, K.R. / Herron, J.N. / Harker, M. / Edmundson, A.B.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1987
タイトル: The Binding of Opioid Peptides to the Mcg Light Chain Dimer. Flexible Keys and Adjustable Locks
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Herron, J.N. / Cheson, B.D.
#2: ジャーナル: Progress in Immunology V / 年: 1983
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Orthorhombic Form of the Mcg Bence-Jones Dimer
著者: Ely, K.R. / Herron, J.N. / Edmundson, A.B.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Small-Angle Neutron Scattering Study of Bence-Jones Protein Mcg. Comparison of Structures in Solution and in Crystal
著者: Schiffer, M. / Stevens, F.J. / Westholm, F.A. / Kim, S.S. / Carlson, R.D.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1980
タイトル: Marked Structural Differences of the Mcg Bence-Jones Dimer in Two Crystal Systems
著者: Abola, E.E. / Ely, K.R. / Edmundson, A.B.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Crystal Properties as Indicators of Conformational Changes During Ligand Binding or Interconversion of Mcg Light Chain Isomers
著者: Ely, K.R. / Firca, J.R. / Williams, K.J. / Abola, E.E. / Fenton, J.M. / Schiffer, M. / Panagiotopoulos, N.C. / Edmundson, A.B.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978
タイトル: Interconversion of Conformational Isomers of Light Chains in the Mcg Immunoglobulins
著者: Firca, J.R. / Ely, K.R. / Kremser, P. / Westholm, F.A. / Dorrington, K.J. / Edmundson, A.B.
#7: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1977
タイトル: The Antibody Combining Site
著者: Capra, J.D. / Edmundson, A.B.
#8: ジャーナル: Antibodies in Human Diagnosis and Therapy / 年: 1977
タイトル: Implications of Conformational Isomerism and Rotational Allomerism to the Binding of Small Molecules by the Mcg Bence-Jones Dimer
著者: Edmundson, A.B. / Abola, E.E. / Ely, K.R. / Firca, J.R. / Panagiotopoulos, N.C. / Schiffer, M. / Westholm, F.A.
#9: ジャーナル: FED.PROC. / 年: 1976
タイトル: Conformational Isomerism,Rotational Allomerism, and Divergent Evolution in Immunoglobulin Light Chains
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Panagiotopoulos, N. / Deutsch, H.F.
#10: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1975
タイトル: Rotational Allomerism and Divergent Evolution of Domains in Immunoglobulin Light Chains
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Panagiotopoulos, N.
#11: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Binding of 2,4-Dinitrophenyl Compounds and Other Small Molecules to a Crystalline Lambda-Type Bence-Jones Dimer
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Girling, R.L. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Westholm, F.A. / Fausch, M.D. / Deutsch, H.F.
#12: ジャーナル: Progress in Immunology II / 年: 1974
タイトル: Structure and Binding Properties of a Lambda-Type Bence-Jones Dimer
著者: Edmundson, A.B. / Ely, K.R. / Girling, R.L. / Abola, E.E. / Schiffer, M. / Westholm, F.A.
#13: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1974
タイトル: Primary Structure of the Mcg Lambda Chain
著者: Fett, J.W. / Deutsch, H.F.
#14: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1973
タイトル: Preparation and Properties of a Bence-Jones Dimer with Mercury Inserted Into the Interchain Disulfide Bond
著者: Ely, K.R. / Girling, R.L. / Schiffer, M. / Cunningham, D.E. / Edmundson, A.B.
#15: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1973
タイトル: Structure of a Lambda-Type Bence-Jones Protein at 3.5-Angstroms Resolution
著者: Schiffer, M. / Girling, R.L. / Ely, K.R. / Edmundson, A.B.
#16: ジャーナル: Prog.Mol.Subcell.Biol. / 年: 1973
タイトル: Structural Features of Immunoglobulin Light Chains
著者: Edmundson, A.B. / Schiffer, M. / Ely, K.R. / Wood, M.K.
#17: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1972
タイトル: Structure of a Lambda-Type Bence-Jones Protein at 6-Angstroms Resolution
著者: Edmundson, A.B. / Schiffer, M. / Ely, K.R. / Wood, M.K.
#18: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Crystallographic Studies of an Igg Immunoglobulin and the Bence-Jones Protein from One Patient
著者: Edmundson, A.B. / Schiffer, M. / Wood, M.K. / Hardman, K.D. / Ely, K.R. / Ainsworth, C.F.
履歴
登録1989年5月9日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
2: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6662
ポリマ－45,6662
非ポリマー00
水4,792266
1
1: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
2: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)

1: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)
2: IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3324
ポリマ－91,3324
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 81.900, 71.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LAMBDA DIMER MCG (LIGHT CHAIN)


分子量: 22833.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: PIR: S14675, UniProt: P01709*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: microdialysis
詳細: taken from Abola, E.E. et al (1980). Biochemistry, 19, 432-439.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
135-40 mg/mlprotein11
20.02 MTris-HCl12in 0.001 M in EDTA

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 7273 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→7 Å / σ(I): 3 /
Rfactor反射数
obs0.208 7273
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 0 266 3478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0560.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.3410.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2880.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.4340.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3150.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor26.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor3320
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 3 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 7273 / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 7.85 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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