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- PDB-3mcb: Crystal structure of NAC domains of human nascent polypeptide-ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mcb
タイトルCrystal structure of NAC domains of human nascent polypeptide-associated complex (NAC)
要素
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
  • Transcription factor BTF3
キーワードCHAPERONE / beta-barrel like structure / NAC / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / heart trabecula morphogenesis / skeletal muscle tissue regeneration / wound healing ...negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / cardiac ventricle development / heart trabecula morphogenesis / skeletal muscle tissue regeneration / wound healing / protein transport / in utero embryonic development / transcription coactivator activity / translation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nascent polypeptide-associated complex domain / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain ...Nascent polypeptide-associated complex domain / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, L.F. / Zhang, W.C. / Wang, L. / Zhang, X.J.C. / Li, X.M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of NAC domains of human nascent polypeptide-associated complex (NAC) and its alphaNAC subunit
著者: Wang, L.F. / Zhang, W.C. / Wang, L. / Zhang, X.J.C. / Li, X.M. / Rao, Z.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
B: Transcription factor BTF3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7215
ポリマ－12,3402
非ポリマー3813
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.794, 59.794, 156.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 5995.018 Da / 分子数: 1 / 断片: NAC domain (UNP RESIDUES 79-132) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Alpha NAC, HSD48, NACA / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): strain BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13765
#2: タンパク質 Transcription factor BTF3 / RNA polymerase B transcription factor 3 / NAC-Beta


分子量: 6345.131 Da / 分子数: 1 / 断片: NAC domain (UNP RESIDUES 97-154) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Beta NAC (BTF3b), BTF3, NACB, OK/SW-cl.8 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P20290
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.47 % / Mosaicity: 0.431 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 0.1 M NaCl, 12% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13682 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9713.40.53312571.001194.9
1.97-2.0516.50.42913330.92199.3
2.05-2.14180.33113480.994199.9
2.14-2.2518.70.22813321.391100
2.25-2.3919.20.16213701.0611100
2.39-2.5819.90.10113670.9031100
2.58-2.8420.30.07213700.941100
2.84-3.2520.20.05513930.9681100
3.25-4.0918.70.04114240.765199.8
4.09-50180.03214880.826194.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.368 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.815 / SU ML: 0.28 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1223 10 %
Rwork0.188 11002 -
obs0.194 12225 88.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.036 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.4 Å2 / Biso mean: 54.537 Å2 / Biso min: 24.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.641 Å20 Å20 Å2
2---1.641 Å20 Å2
3---3.282 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数864 0 3 61 928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1351184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.862321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9760.364990.29888698566
1.976-2.0660.2651220.1991099122181
2.066-2.1750.2571290.1861164129387
2.175-2.3110.3021210.2181085120680
2.311-2.490.31400.1791266140693
2.49-2.740.2331460.1651314146096
2.74-3.1360.2091510.1731360151198
3.136-3.9490.2171540.1651381153598
3.949-29.3710.2451610.1891447160894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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