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- PDB-3mbu: Structure of a bipyridine-modified PNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbu
タイトルStructure of a bipyridine-modified PNA duplex
要素Bipyridine-PNA
キーワードPeptide Nucleic acid / bipyridine / PNA
機能・相同性CARBONATE ION / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Pohl, E. / Truan, D. / He, W. / Sheldrick, G.M. / Du, S. / Achim, C.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of non-modified and bipyridine-modified PNA duplexes.
著者: Yeh, J.I. / Pohl, E. / Truan, D. / He, W. / Sheldrick, G.M. / Du, S. / Achim, C.
履歴
登録2010年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bipyridine-PNA
B: Bipyridine-PNA
C: Bipyridine-PNA
D: Bipyridine-PNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,22914
ポリマ－10,4834
非ポリマー74710
水4,179232
1
A: Bipyridine-PNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7593
ポリマ－2,6211
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bipyridine-PNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7733
ポリマ－2,6211
非ポリマー1522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bipyridine-PNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8494
ポリマ－2,6211
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bipyridine-PNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8494
ポリマ－2,6211
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.200, 25.730, 53.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.33, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6045-

HOH

21C-6062-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質・ペプチド
Bipyridine-PNA


分子量: 2620.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised

-
非ポリマー , 6種, 242分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 40% propanediol 0.2 M NaCl 0.1 M citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.8
シンクロトロンSLS X10SA20.8
検出器
ID検出器
1CCD
2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. all: 40632 / Num. obs: 34896 / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05→26.73 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): -3 / 詳細: conjugate gradient against intensities
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.169 2031 random
Rwork0.127 --
obs0.127 34896 -
all-40992 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→26.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数740 0 49 232 1021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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